חישוב זמן דור

[אלפקה פקה]

חישוב זמן דור

אני מגישה דו"ח מעבדה, ואחד הדברים שצריך הוא לחשב זמן דור לחיידקים החביבים שגידלנו. לא נתנו לנו איזו נוסחה או משהו - פשוט אמרו למצוא שתי נקודות בגרף בהן האוכלוסיה הכפילה את עצמה, ולראות כמה זמן זה לקח. עכשיו, באחד הגרפים, מתחילת הניסוי ועד סופו האוכלוסיה הגיע מ 32.6 ל 62.6 - כלומר, כמעט פי 2, אבל לא. וזה כל הטווח של הגרף (120 דקות). השאלה שלי, איך אני יכולה לחשב מזה זמן דור? יש לי תחושה שאסור להשתמש בערך משולש, כי הגדילה היא אקספוננציאלית ולא לינארית. אבל אולי בעצם מותר? (עם ערך משולש, יוצא זמן דור של 125 דקות) מותר? ואם לא, אז איך?

 

[מורקסלה]

לא נראה לי

אני בטוחה שהכוון צריך להיות 20 דקות

 

[רוקד עם שבלולים]

תלוי באילו תנאים.

ואם קבוצת-הניסוי הזו גודלה דווקא ב-45 מעלות, או על מצע חסר?

 

[mitzipitzi1]

זמן דור=

הזמן שלוקח לאוכלוסיה להכפיל את עצמה. מתחילת הניסוי ועד סופו האוכלוסיה שלך צריכה להיות **הרבה** יותר מכפולה. כנראה שנפלה טעות בספירה, או בגידול, או איפשהו. בעיקרון פשוט מחסירים את הזמן שלקח להגיע ל-X מתוך הזמן שלקח להגיע ל2X.

 

[אלפקה פקה]

זו קבוצה על מצע עני

ו... זה מה שיצא...

ספירה חיה של מושבות ב0.1 מ"ל בזמן 0 יצאו 32.6 מושבות, בזמן 120 - 62.6 מושבות. שניהם באותו פקטור מיהול, שניהם עוברים אותה נוסחה, בקיצור - יוצא שב 120 הם כמעט הוכפלו. את הגרף ציירנו על גרף סמי לוגריתמי, וזו הסיבה שאני מניחה שאי אפשר להשתמש ביחס משולש שמיועד לגרף לינארי. אני יכולה אולי להמשיך את הגרף ואז לבדוק איפה אמורים להגיע לאוכלוסיה כפולה ממה שהתחלנו?...

 

[אלפקה פקה]

וחוץ מזה

גם בשני מדדים אחרים (ספירת חלבון ועכירות) יצאו תוצאות דומות לזמן דור - 120 דקות, ו 90 דקות. כנראה שממש לא נעים לחיידקים על המצע העני

 

[mitzipitzi1]

לדעתי יש לך טעות כלשהי

גם על מצע עני הם יותר מיכפילו את עצמם. נשמע קצת מוזר במיוחד שיצאו לך תוצאות דומות בניסויים האחרים. אולי תציצי בתוצאות של זוג אחר ותשווי? זמן דור של החיידקים אמור לצאת בטווח של 20-30 דקות. בכל מקרה ערך משולש ממש לא תופס כאן..

 

[אלפקה פקה]

את המצע העני לא אני עשיתי

אני ובת הזוג שלי עבדנו על מצע עשיר. יצא לנו זמני דור - 24, 45, 68. לא בדיוק תוצאות דומות כמו שאמור להיות, אבל לא נורא

מה גם שזה בסדר, כי ההכי איטי שיצא למצע העשיר, עדיין יותר מהיר מהמצע העני - כמו שאמור לצאת. את המדידות של המצע העני לקחנו מזוג אחר, וכאמור בכל שלושת המדדים יוצא זמן דור ארוך - 90, 120, ו(בערך) 125. בהשוואה בין המצעים זה נראה לי דווקא זמנים הגיוניים... כנראה שזה פשוט סוג החיידקים שהשתמשו בו. על כל פנים, בלי ערך משולש - אני מניחה שהדרך הנכונה היא להמשיך את הקו בגרף ולראות איפה זה יוצא? למרות שבגלל שזה מאוד קרוב, הטעות מערך משולש לא ממש קריטית (עם המשכת הגרף גם יוצא בערך 125 דקות, אולי דקה שתיים יותר). אבל אני מניחה שאם היה הבדל יותר גדול זה היה נהיה קריטי.

 

[dbn]

זמן דור קצר של E. coli על מצע עני

הוא שעה ויותר בהתאם להרכב המצע ותנאי הגידול. זמן דור של 20 דקות הוא במצע עשיר בטמפרטורה אופטימלית (39 מעלות) ובטלטול

 

[מורקסלה]

לאו דוקא מצע עני

גם לחיידקים אנאירובים בד"כ יש זמן דור ארוך כזה

 

[mitzipitzi1]

אם כך

לפי מה שdbn כתב, זמן הדור שלך הוא פשוט 120 דקות.

 

[מורקסלה]

עכשיו שאני חושבת על זה...

הנוסחא אמורה להיות y/x=a שa הוא זמן הדור שלך בקיצור: 62.6-32.6=30 30/120=0.25 שמתוך שעה זה 15 דק'

 

[אלפקה פקה]

המממ... מה זאת אומרת?

לנו לא אמרו נוסחה, אבל אני מנסה למצוא את ההיגיון בנוסחה שהבאת. הרי אם מספר החיידקים עלה מ 32.6 ל 62.6 ב 120 דקות - רואים בבירור שזו כמעט הכפלה. במקרה הספציפי הזה גם מדובר במדידה של ספירת מושבות, כלומר זה "ממש" מספר החיידקים (ולא איזה מדד עקיף למספר או כמות חיידקים). הרי זה לא משנה לי שהם גדלו ב 30 במהלך 120 הדקות - משנה לי ממה הם התחילו. לפי מה שאת אומרת, באותה מידה הם היו יכולים להתחיל ב 300, לסיים ב 330, והחישוב לזמן הדור הוא אותו חישוב?... בקיצור, או שאני מפספסת משהו, או שהתבלבלת בנוסחה של משהו אחר.

 

[יותם סטאר]

אני בדיוק עובד על דו"ח כזה (-:

1) תציגי גרף סמי-לוגריתמי של זמן (ליניארי כמובן) מול מספר מושבות (לוגריתמי). אמור להתקבל קו ישר עם שיפוע חיובי (בהנחה והחיידקים שלך בשלב הגידול המעריכי). 2) תבחרי רק את הנקודות של הגידול המעריכי ותעבירי ביניהן קו מגמה לינארי. 3) תבחרי נקודה אחת של מספר מושבות, ותכפילי את המספר שבה פי 2. תציבי את מספר המושבות הכפול במשוואת הישר של קו המגמה, ותקבלי את הזמן שבו התקבלה הכמות הכפולה. זמן זה, פחות הזמן של הנקודה שבחרת - הוא זמן הדור. לגבי השאלה שלך, אם מותר ערך משולש בגידול אקספוננציאלי, אני מקווה שהתשובה שלי (שימוש בגרף סמי-לוגריתמי) ענתה לך.

 

[יותם סטאר]

אה, אגב

לחיידקים שלי (אי. קולי), שגדלו גם על מצע עני (DAVIS), היה זמן דור של 40 דקות.

 

[deathcaster]

חישוב זמן דור

נא להציץ בקובץ המצורף

 

[אלפקה פקה]

המון תודה!! עזרת מאוד

 

[deathcaster]

תגידי את זה למורן ../images/Emo3.gif

 

[ofsher]

המלצה אישית

לפתוח את הספר של BROCK (אני מקווה שאני זוכר את השם נכון) יש שם פרק מעולה וברור בנושא. כשלימדתי את החומר במעבדה צילמתי לכל הסטודנטים שלי את הפרק הזה... וזה מאוד עזר להם...

 

[pagosh]

חישוב זמן דור נעשה כך:

יש לך זמן אפס ובו 32 מושבות יש לך זמן סופי ובו 62 מושבות את יודעת שהגידול בחיידקים הוא תמיד אקספוננציאלי הזמנים שהשתנו בין 32 ל 62 הם 120 דקות יש את כל הפרמטרים וניתן להכניס לנוסחה אקספוננציאלית B(fin) = B(t=0) * e ^ [K * t] B הוא כמות המושבות. FIN הוא המספר הסופי שלך (62) ו T=0 הוא המספר הראשוני שלך (32) T הוא הזמן בין הנקודות (120) כעת ניתן לחשב את הנעלם היחיד K שהוא מקדם הגידול (רמז למתקשים בחישוב נעלם אחד עם אקספוננט: השתמשו ב LAN) כעת כאשר מצאת את K את יכולה לחשב שוב בהצבה הנוסחה שנתתי לך מה הערך של T בדיוק כאשר האוכלוסיה מכפילה את עצמה. ז"א כאשר B(fin) = 2B (t=0) בהצלחה, ד"ר פגוש, מיקרוביולוג