חברים יקרים

vizini

New member
נחזור מייד אחרי שתודה בטעותך.

האם אתה מודה שהציטוט שהבאתי אומר בבירור שהמולקולות אינן נבררות?
 
אתה יודע מה?

טוב. מודה. בציטוט שלך הן אינן נבחרות. ולמרות שנאמר בו בפרוש שהו כן נבחרות ומטוהרות ע"י הגברה סלקטיבית. אבל עזוב. מודה. צדקת במאה אחוז וטעיתי במאה אחוז. הבה נחזור לענינינו. ולא אכפת לי אפילו אם נעזוב את המאמר המקורי ונעבור למאמר שלך אם תראה לי בבקשה, לאט ובצורה מנומקת היכן במאמר זה מדובר על המודל שלך. העיקר שנחזור למודל שלך. באת והצעת מודל נפלא. המראה איך תהליך מחזורי בטבע יכול להביא ממצב של שוויון ריכוזים למצב של יחס 452^10 בריכוזים תוך ימים ספורים. והגדלת לעשות וטענת שאלפי תהליכים מחזוריים כאלו אפשריים. וכששאלתיך לשם אותן מולקולות מופלאות שמתנהגות לפי המודל שלך, החילות להביא את המאמר שאתה מצטט שוב ושוב. וטענת שהמולקולות שהשתמשו בהן במעבדה הן אותן המולקולות שעשו זאת בטבע. התראנו היכן מופיע המודל שלך בנסוי זה? התענה על כל שאלותי והפרכותי למודלך?
 
זה מה שאומר המאמר

המקורי והרלוונטי - "RNA molecules that catalyze a target reaction are immediately eligible for amplification, and newly produced RNAs are immediately eligible to catalyze another reaction. This situation enables us to maintain laboratory "cultures" of evolving RNA enzymes,
 
הם כן טוהרו

הם לא טוהרו ע"י שום תהליך אחר חוץ מהגברה סלקטיבית אשר לפחות בניסוי המקורי שעליו דובר נעשתה ע"י התאמה ל templates.
 

vizini

New member
עכשיו אתה מתווכח לא איתי, אלא עם

המאמר. תרשה לי להביא את הקטע במלואו: Using the population of ribozymes that resulted from the rapid evolution procedure, we initiated continuous evolution. Approx-imately 10 11 RNA molecules were added to a reaction mixture containing substrate, Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase, DNA primer (used to initiate reverse transcription), deoxyribonucleotide triphosphates (dNTPs), T7 RNA polymer- ase, NTPs, and buffer. After 60 min, a small portion of this mixture was transferred to a fresh reaction vessel. The process was con-tinued for 100 serial transfers and resulted in an overall amplification of 3 *10^ 298 (Fig. 3A). At no time during the process were the RNA molecules isolated or puri-fied. They continued to breed true, “puri-fied” only by selective amplification based on their catalytic function. As the evolution proceeded, the pace of selective amplification quickened. At the outset, the doubling time was about 12 min. During transfers 51 to 58, exponential growth occurred with a doubling time of less than 2 min (Fig. 3B). אגב, שמת לב למונח doubling time ?
 
לקח לך

די הרבה זמן לבצע את ההעתק-הדבק הזה. ואת כל הקטע הזה כבר הבאת ולא כתוב בו כלום מדבריך ואינו מאשר אחת מטענותיך ואינו חולק על דברי במאום. והנה עוד קטע קטן כן רלוונטי ומהניסוי המקורי - "RNA molecules that catalyze a target reaction are immediately eligible for amplification, and newly produced RNAs are immediately eligible to catalyze another reaction. This situation enables us to maintain laboratory "cultures" of evolving RNA enzymes, התקיים את הבטחתך ונחזור למודל שלך ויזיני? היש בכוונתך להראות במילים או לנסות לפחות להסביר איפה מופיע המודל שלך בציטוטיך? היש בכוונתך לענות על שאלותי ששאלתי בטוב טעם והראתי שהמודל שלך לא יביא לשום הבדל ריכוזים? זה כל מה שאיש מדע כמוך יודע לעשות? שוב ושוב תזרוק כאן את אותו ציטוט שלא קשור כלל לנושא. התיתן לפרמיטיב דתי שכמוני להציג חישובים וטענות עניניות בעוד אתה איש המדע מתנהג כאן כילד העושה במכנסיו? טענותי לגבי המודל שלך היו ברורות. אם טעיתי במשהו תוכל לתפסני בקלות. אנא סתור את דברי. עוד ניסית לעשות זאת בשלב מסויים וטענת את טענתך האוילית שמולקולות A מוצאות את אבני הבניין שלהם לפני B. ועניתי לך כאן. ומאז אינך עונה דבר אלא ממשיך להביא את המאמר הבלתי רלוונטי הזה שוב ושוב. אין לך בושה ויזיני?
 

vizini

New member
אבל אנו דנים במודל שלי, דב שכול יקר

מה לדעתך היא המשמעות של doubling time ? ומדוע היה ה-doubling time ההתחלתי כ12 דקות, ובין איטרציה 51 ל58 חל גידול אקספוננציאלי כאשר ה doubling time ירד לפחות מ2 דקות? מאמר בלתי רלוונטי? כולם רואים מיהו חסר הבושה.
 
האמנם?

ובכן,להלן פירוש המאמר הנפלא שהבאת - ניתן לבצע selective amplification בשתי דרכים: stepwise - שפרושו כפי שהסברתי עד כה, בכל איטרציה נבחרות ומבודדות מולקולות מוצלחות טיפה יותר עד שבאיטרציה האחרונה קיבלנו מולקולות שרכשו סדרת מוטציות המקנות להן יכולת לקטלז ריאקציה מסויימת. continues - הוא פטנט מתחכם כדלהלן - כל הtemplates הבוחרים מולקולות מוצלחות מאיטרציה לאיטרציה מוכנסים כולם באותה מבחנה וזה נקרא serial transfer procedure . שרשרות ד.נ.א מיוחדות שנבחרו לצורך מטרת הניסוי אשר נמצאות אף הן במבחנה - מתחברות לשייר ד.נ.א שמתחבר במהלך ה serial transfer למולקולות המוצלחות, ומאתחלות ע"י כך תהליך הנקרא reverse transcription שענינו - בניית ד.נ.א על גבי תבנית ר.נ.א. וכל ה templates וכל הrybozyms המשכללים שהושמו באותה מבחנה מהונדסים היטב כך שרק הר.נ.א המוצלחות יעברו reverse transcript לד.נ.א. לאחר שנוצר הד.נ.א שהוא תמונת ראי של הר.נ.א המוצלחות, הוא פוגש באורך פלא במבחנה אנזים משכלל שנקרא ר.נ.א פולימר'ז. (שהוא חלבון עתיר חכמה היודע לבנות ר.נ.א מ ד.נ.א) אשר על פי תבנית הד.נ.א יוצר בחזרה עותקים רבים של מולקולות ר.נ.א מוצלחות אשר נכנסות שוב למעגל ה serial transfer . קודם לניסוי המתואר במאמר זה, היו מצויות טכניקות ל continues evolution ליצירת סוגים רבים של אוכלוסיות ר.נ.א אך לא לכאלו שהן בעלות תכונות קטליזציה של ר.נ.א. ניתן היה להגיע ל selective amplification של ר.נ.א בעלות פונקציונליות קטליטית אך ורק ב stepwise evolution. בניסוי זה הצליחו להדגים סכמה של continues evolution כפי התהליך המעגלי שהסברתי אשר המולקולות ה"מוצלחות" שנוצרות בו הינן מוצלחות בכך שהן מזרזות שכפול ר.נ.א. וזו הסיבה שלאחר מספר מעגלים כאשר עולה ריכוז המולקולות המוצלחות אזי גם התהליך כולו של הגברה נעשה מהיר יותר. ולאחר שהבנו את הניסוי אני חוזר למנגנונך ויזיני. שתי סוגי ר.נ.א A ו B. חצים מתפרקות ביום. חוזרות ונבנות בלילה. נבנות בהבדלי פקטורים המגדילים את הריכוז מיום ליום. האם אתה עוד רואה קשר בין המודל שלך לניסוי הנ"ל? איפה במודל שלך ה serial transfer ? איפה במודל שלך ה ד.נ.א המבצע reverse transcript רקק למולקולות המוצלחות? איפה במודל שלך ה ר.נ.א פולימרז' שיוצר מחדש מולקולות ר.נ.א ע"פ הד.נ.א? איפה החזיון האינפנטילי שניסית לגרום לאנשים להאמין שיכול היה להתרחש בפשטות בטבע? וכפי שאמרת - "ישנם מועמדים רבים לתהליך מחזורי שכזה, ואולי אמנה רק אחד מהם - יום ולילה. אם למשל המולקולות המשכפלות רגישות שלשינויי טמפרטורה בין היום לבין הלילה, כך שביום הם יטו להתפרק, הרי לפנינו תהליך כזה, שבמספר לא גדול של ימים ישיג את יחס הדילול המבוקש. " אלפי תהליכים טבעיים אמרת מצויים שיכולים לגרום למה שנעשה במעבדה. האמנם? ואל תשכח שעד כה גם לא שאלתיך בכלל מהיכן צץ אוקיינוס זה של מולקולות ר.נ.א מסוג A B. הלא איננו מסוגלים כיום לסנתז ר.נ.א ממרכיביו ללא שימוש ב ר.נ.א או ד.נ.א קיים כתבנית. אז מניין לו לכדה"א לפני 3.8 מליארד שנה אוקיינוס של מולקולות ר.נ.א? אז אוותר על שאלה זו. אך מניין הד.נ.א הסלקטיבי הזה שנצרך למנגנון הניסוי? מניין הר.נ.א פולימר'ז? כאמור, במודל שהודגם בניסוי, סופקה כל הזמן אספקת חומרי גלם ולכן הר.נ.א פולימרז' יכול היה ליצר ללא הרף מולקולות ר.נ.א מוצלחות ע,פ הד.נ.א. ואילו בשלולית העלובה שלך ויזיני, כפי שכבר הסברתי מספיק פעמים, היינו חוזרים בכל לילה לשויון ריכוזים. ולמעשה, לא היינו חוזרים לכלום כי אבני הבניין העלובות שלך לא היו חוזרות כלל להבנות ל ר.נ.א ואפילו שהיה להן תבנית. כי לא היה להם ר.נ.א פולימרז'. ואם כן, בהנחה שחציים מתפרקות כל יום, תוך מספר ימים לא רב שניתן לחשבו מנוסחת מחצית החיים (חשבו כתרגיל), חרבה שלוליתך ולא נותרו בה כל ר.נ.א ולא נותר דבר מעולם התוהו וקורי העכביש שאתה טווה סביבך כל ימיך.
 

vizini

New member
אמנם, דב יקר.

כל התיאור היפה שלך בתחילת דבריך, מתאר אך שלב (מחזור) אחד בניסוי, הלא הוא שלב ההגברה, בו המולקולות בעלות התכונות הנדרשות משתכפלות בכלי. את השלב העיקרי שכחת - השלב בו החוקר לוקח קמצוץ מהמבחנה ומעביר אותה למבחנה המכילה חמרי גלם חדשים ללא המולקולות המשתכפלות. והלא על זה נסוב כל הדיון - האם תהליך כזה של התחלה מחדש אפשרי בטבע. שכן, התהליך הקורה במהלך מחזור אחד במבחנה, בהנחה שקיימים התנאים ההתחלתיים, בוודאי יכול לקרות (איך מגיעים לאותם תנאים התחלתיים זה סיפור אחר שאינו שייך לעניין הנידון כרגע) שהלא הוא קורה במעבדה. ולשלב זה בא המודל שלי לתת פתרון. אני מבין את הבעיה שלך - אתה נתלה בכך שאמרתי שבכל מחזור במודל שלי "רק" חצי מהמולקולות מתפרקות בחזרה לחמרי גלם. עדיין אתה טועה, לדעתי, אך כדי להניח את דעתך,ולא "להתקע" על נקודה בלתי חשובה זו, תניח שלא חצי מהמולקולות מתפרקות, אלא 99 אחוז מהם, כך שנשאר אחוז אחד בלבד להתחלת המחזור הבא. האם כעת אתה רואה את האור? אה, ועוד נקודה קטנה. אמרת:". וזו הסיבה שלאחר מספר מעגלים כאשר עולה ריכוז המולקולות המוצלחות אזי גם התהליך כולו של הגברה נעשה מהיר יותר". אבל ריכוז המולקולות לפי ההסבר שלך עולה כבר אחרי מחזור אחד. אבל במאמר נטען כי ההגברה האקספוננציאלית והירידה בזמן ההכפלה (זו לא המצאה שלי, כפי שאתה רואה. זה כתוב במאמר...) קורית בין האיטרציות 51 ל58!
 
נו מתקדמים

אז לא חצי התפרקו אלא 99 אחוז מתפרקות כל יום. למה לא אמרת זאת עד עכשיו? האם לא היה החשבון הברור מונח לפניך? עלוב. תראה מה אתה אומר עכשיו. מתחילים משלולית או ים של מולקולות ר.נ.א חיצים מסוג A וחצים מסוג B. ביום, כתוצאה מחום השמש, נתפרקו להם 99 אחוז מהמולקולות - דהיינו כמעט כל מה שהיה בים הזה או בשלולית. ובלילה - ראה זה פלא, הכל נבנה מחדש. על התבניות הבודדות של האחוז אחד שנשארו. בקצב מצמרר ובטור גאומטרי נפלא הופך אחוז אחד בין לילה ל 100 אחוז. ודוקא A נבנות יותר מ B. ולמרות שהנוקלאוטידים מספיקים לשניהם בשווה, ובלי שום templates שמעדיפים משהו על משהו. ובלי ד.נ.א ובלי ר.נ.א פולימרז'. אשריך ויזיני. אני מעריך שאנו מתחילים להכנס לשלב שבו אתה שם רגל לעצמך ורגליך מסתבכות בפרצופך הנאלח והרי הנך מזרז את ריאצית הפירוק של עצמך. המשך כך.
 

vizini

New member
יקירי דב שקול,

האם הבנת סוף סוף מה קרה בניסוי המתואר באיטרציה ה51? לפי דבריך למעלה, כנראה שלא. אמץ היטב את מוחך, אולי תתגלה לך התשובה. וביינתיים, נחזור ברשותך למודל שלי. אכן, A נבנות יותר מ-B, כי זו היתה הנחת היסוד של המודל - זה בדיוק משמעותם של A ו-B. אשר לכל הDNA והRNA פולימרז' - אלה חלק מפרטי מנגנון השכפול, אשר כלל לא דנתי בו. אשר להעדפה של משהו על משהו - גם זה קיים, אלא שבניגוד לניסוי שבו התנאים נקבעים ע"י החוקרים כדי להשיג תכונה רצויה כלשהי, בטבע התנאים האלה נקבעים ללא שום תכלית כלשהי. בניסוי עצמו נלקח בכל "סיבוב" קמצוץ מן הסיבוב הקודם ונזרע בכלי עם אספקה טריה של חמרי גלם. אינני יודע אם היחס בין הקמצוץ לכלל היה אחוז אחד או אחוז אחר, אך אם היית עוקב אחרי החשבון שלי, היית רואה כי אין לכך כל חשיבות, ולכן אמנם לא יחסתי לכך חשיבות. אבל אם 1/100 מוצא חן בעייניך יותר מ-1/2, יהי כן.
 
אכן

לא. לא הבנתי מה קרה באיטרציה ה 51 . אתה הבנת? ספר נא לנו. אז אתה עכשיו אומר שהיו בשלולית שלך גם ד.נ.א וגם ר.נ.א פולימרז'? היורשה לי לשאלך מהיכן הגיעו לשלולית זו כל הר.נ.א המופלאות והד.נ.א המופלא? והר.נ.א פולימרז'? אתה בכלל יודע מהו ר.נ.א פולימרז'? ובכלל, אם אתה טוען שהיתה בטבע שלולית מהונדסת ומשכללת כל כך בדיוק כפי שבמעבדה, עם כל ה successive templates וד.נ.א רק מסוג אחד שבוחר רק ר.נ.א מוצלחות, ואפילו ר.נ.א פולימרז' שהינו לידיעתך - חלבון שהינו בעל מספר שרשרות פוליפפטידיות ואשר ממלא עשרות פונקציות הכרחיות בתפירת ר.נ.א על ד.נ.א ואשר ניתן למלא מאות ואלפי ספרים רק בהסברת הטכניקות המשכללות שניחן בהם אנזים מוכשר זה, אם אתה טוען שכל אלו היו בשלולית בטבע ככה סתם, וכל זה תהליך טבעי פשוט וזמין, אלפי תהליכים ושלוליות כאלו יש, אם זה מה שאתה טוען די לי בזה וישפטו הקוראים את מידת שפיותך. ואגב, אם כל אלו היו במודל שלך וידעת זאת, מדוע אמרת למעלה שההבדל בין A ל B הוא ש A מוצאות את אבני הבניין שלהן יותר מהר? לא ולא. שום ר.נ.א אינו נבנה ע"י שתבנית ר.נ.א קיימת "מוצאת" את אבני הבניין. ר.נ.א במודל שלך כפי שאתה מנסה להסתבך בו עכשיו נבנה על סמך תבניות ד.נ.א שגם נמצאו בשלולית. ומכיוון שהד.נ.א המופלא הזה שהיה קיים בשלולית רק כ template למולקולות מוצלחות לכן הן נבנו ולא אחרות. האם גם מאמירה זו תחזור בך? לא. לא מוצא חן בעיני לא 1/2 ולא 1/100 . מה אתה עושה לי טובה? אמרת 1/2 ונסתרת אמרת 1/100 ונסתרת אז עכשיו מה?
 

vizini

New member
ובכן, לפי הבנתי

באיטרציה ה51 או בסמוך לה התרחשה מוטציה שגרמה למולקולות המוטנטיות לתהליך שכפול מהיר בהרבה. אני לא אמרתי מה היה ב"שלולית" שלי (היא לא רק שלי. גם אתה יצאת משם, למרות הכחשותיך) פרט לפרטים ההכרחיים כדי לפתח את המודל - מולקולות המסוגלות להשתכפל על כל מה שדרוש להם. אבל עכשיו אינני מבין דבר אחד - האם אתה טוען כי אין זמן אופייני לתהליך השכפול? אן שברגע שתהליך זה מתחיל, כל המרכיבים הדרושים לו מיד עומדים ומסתדרים בשורה במקומם? אשר ל1/2 ול 1/100 - הבנתי למה מפריע לך ה-1/2 (אם כי אין בכך הפרכה, כפי שהסברתי). אולם לא ראיתי מצידך כל התייחסות ל1/100. איך בדיוק אתה חושב ש"הפרכת" זאת? ונקודה אחרונה - מהיכן הגיעו כל אותם מולקולות DNA ו-RNA פולימרז' - כפי שאמרתי - זו שאלה נכבדה בפני עצמה, וראויה לשרשור נפרד, אולם אינה קשורה כלל לעניין הנדון. אם תרצה, פתח שרשור נפרד בנושא ואתייחס שם.
 
בקשתי

שטוחה לפניך. אמור מה שתאמר. רק דבר אחד עשה עימי חסד ואל תאמר כי הוא קשה לי מכל. אל תאמר שאני ואתה יצאנו מאותה שלולית. כי אם כך, לו ניתנה לי בחירה, בראותי אותך יוצא הייתי נשאר בשלולית. נ.ב 1/100 הופרך כפי שציינתי לעיל כי לא מתמלא האוקיינוס בין לילה במולקולות ר.נ.א מכמה מולקולות בודדות. ועוד - אותו 1/100 הרי הוא 1/200 A ו 1/200 B ולשניהם יש ים רחב ידיים להתרבות בו וגם לו היו באוקינןס הזה או בשלולית כל אותם חומרים נצרכים שהיו בניסוי - גם אז - התוצאה היתה - יצירת מולקולות C. לא A ולא B ולא שמץ מהבליך. ה selective amplification שנוצר בטבע המופלא שלך יצר מולקולות ר.נ.א חדשות. לא A ולא B אלא C D E וכו' שבסגולתן לקטלז שכפול ר.נ.א הן של C הן של D והן של E, והן של מולקולות בעלות מוטציות אחרות שרכשו המקנות להם תכונה קטליטית.
 

vizini

New member
יהי כרצונך.

הלא עצם היותך דתי מעיד על הכחשת המציאות, אז מה תעלה ומה תוריד עוד הכחשה אחת? נ.ב - 1/100 לא הופרך קודם וגם לא כעת. איך יכפילו את מספרם מולקולות מאה מונים אם הזמן הדרוש להכפלת מספרן הוא 12 דקות בממוצע ויש להם לילה שלם לעשות זאת? עשה את החישוב בעצמך...
 
תודה. כרצוני כן יהי

נ.ב שכחת לרגע - הרי הוספנו למודל את כל ה successive templates ואת כל הצעדים המובילים את הר.נ.א במסלול השכפולים המוצלחים. כ 29 מוטציות סדרתיות הוצרכו בניסוי להביא ליכולת הקטליטית. וכל מוטציה הושגה בשלב אחר שלב. אם כן למולקולת ר.נ.א אחת נצרכו כ 29 שכפולים סדרתיים אם כן - 29 * 12 . צא וחשב אם יתמלא הים במולקולות בין לילה.
 

vizini

New member
שוב אתה טועה.

12 דקות לוקח למולקולות להכפיל את מספרן כבר מתחילת הניסוי. יוצא, שלאחר 7 הכפלות כאלה (שניים בחזקת 7 גדול ממאה) תתמלא לה ה"שלולית" שלי (לא שלנו, כבקשתך) במולקולות, וזה יקח פחות משעה ומחצה, הרבה לפני תום הלילה.
 
לא כי אלא שוב טעית

ה - doubling time שהוזכר הוא לגבי כל שכפול ושכפול מסדרת השכפולים המוצלחים המביאה בסופה למולקולת ר.נ.א מוצלחת הנבחרת ע"י הד.נ.א להגברה נוספת. וה doubling time הזה הואץ מאיטרציה לאיטרציה בעקבות עליית ריכוז הר.נ.א המוצלחות שמזרזות את השכפול. doubling time בפרוש אינו מתיחס לזמן איטרציה שהוא הזמן הדרוש למולקולת ר.נ.א אחת לעבור 29 שכפולים שבכל אחת נרכשת מוטציה נוספת. זה אינו doubling time. קרא לו iteration time או amplification time או מה שתרצה. זה לא נקרא doubling time.
 
תגיד

עזוב רגע מאיין הגיעו הר.נ.א ו ד.נ.א ו ר.נ.א פולימרז', וכל שאר החומרים המופלאים שהיו במעבדה. נניח שצצו מכוכב אחר. אתה באמת חושב שבאותה שלולית היו התנאים לקניית 29 מוטציות מוצלחות ב 7 דקות?
 
למעלה