חברים יקרים

vizini

New member
בעל כורחך אחדיר את ההסבר לראשך.

וגם אם לא ימצא לו שם מקום, לפחות יבינו זאת האחרים, ונמצאת מזגה את הרבים. זמן המחזור גדול מאוד יחסית לזמן שאורך שכפול, כך שבמשך מחזור אחד קורים שכפולים רבים. לכן, לכל שכפול בודד, אין מחסור בחמרי הבניין (פרט אולי לקראת סוף המחזור).
 
אם לא שמת לב

המשחק נגמר. אני לא יודע על איזה מחזור אתה מדבר. אולי על מחזור העויתות הפוקדות אותך. המחזור שעליו אני דיברתי כשדחפתיך סופית לאשפת ההיסטוריה, הוא - מחזור שכפול. ושוב - מחזור = שכפול. יש N/4 מולקולות A ו N/4 מולקולות B. וכמות חומרי גלם המתאימה להם בדיוק. מתלבשים הנוקלאוטידים החופשיים על התבניות, לוקח כמה שלוקח השכפול, יתכן ש A סיימו להשתכפל פעם אחת (מחזור) לפני B , ואולם אין להן חמרי גלם לשכפול נוסף כי הם תפושים ע"י B שעדיין בתוך מחזור השכפול. שכפול אחד - מחזור אחד. וטמבל אחד כמוך שאינו מסוגל להודות בטעותו ומחלל כאן את שם המדע בפרהסיא.
 

vizini

New member
תוכל לפרוש מן המשחק בכל עת שתרצה.

וישפטו הקוראים מה טיבה של פרישה זו. אתה בוודאי חושב שכאשר מולקולה A או B רוצה להתחיל בתהליך השכפול, כל מאות אבני הבניין עומדות בשורה ומחכות רק לה. אבל שכחת שאלוהים הוא לא אחד מהמחברים, וגם לא מופיע ברפרנסים או בקרדיטים... במציאות על המולקולות מסוג A או B לאסוף את אבני הבניין בעצמן ולהתאימן למקומן, וזה בעיקר מה שגורם להבדל ביניהם. לכן בעוד שמולקולה A כבר מצאה את אבני הבנין, גמרה את תהליך השכפול ושתי המולקולות החדשות תרות אחרי אבני בניין חדשות, עדיין עסוקה מולקולה B בלמצוא את אבני הבניין הדרושות כדי להשלים את השכפול הראשון שלה.
 
אני אפרוש

אין ספק. אתה מושך אותי למשחק תוהו לאחר שהמודל שלך כבר נפך נשמתו מעשרות טעמים. ובמשחק זה אניח לך את המילה האחרונה. מלבד כל שאר הפרדוקסים שכבר צוינו הנה עוד דבר מה שסותר גם את פלפולך המכוער האחרון. מהן A או B? מולקולות ר.נ.א - צרופים של 4 נוקלאוטידים (A, T , C, U.) נניח - A = U T U U T T A A U C A A C C (רק אורך שרשרת הרבה יותר גדול) B = A A U T T A A A U T A A U U (רק אורך שרשרת הרבה יותר גדול) כל שינוי ביניהם בהקשר למאמר שממנו יצא הויכוח שכבר נגמר (אם אתה זוכר בכלל מניין באנו) אינו קשור כלל להבדל מהירות שכפול. אלא שצרופי נוקלאוטידים אלו מקנים שונות גנטית בין A ל B . נניח ש A מסוגלים לזרז ריאקציה מסוימת ולא B. אך לעניין הפרש מהירות שכפול - לא דובר עליה וגם אין כזה דבר כלל. שניהם מולקולות ר.נ.א אבני הבניין הם 4 ומפוזרות בשווה בשלולית ואין שום עדיפות ל A למצאן לפני B. ורק להזכיר שכל זה אינו קשור כלל לניסוי שעליו הויכוח שבו לא דובר כלל על איזשהו A או B אלא על התחלה מאסופה רנדומאלית של מולקולות ר.נ.א שמשתכפלות ורק אלו שרכשו מוטציות שהתאימון ל template מסויים נבחרות ומועברות לאיטרציה הבאה. לא הפרשי פקטורי מהירות שכפול יש לנו כאן, לא שני סוגי מולקולות התחלתיות, פקטור הדילול נובע אך ורק מכך שההסתברות לקבל את המוטציות המוצלחות הסדרתיות הוא כל כך קטן שיש צורך כל פעם לבחור רק כמות זעומה של אלו שעברו מוטציה מוצלחת מסויימת, לזרוק את כל השאר, להוסיף חמרי גלם ולרבות את המולקולות המוצלחות ולאחר מכן לבחור את אלו שעברו מוטציה מוצלחת נוספת וחוזר חלילה. זהו פרוש הניסוי שעליו סב כאן הויכוח. אז הצלחת לגרור אותי לעולמך עולם התהו ואיני בוכה על חלב שנשפך. הודעותיך בשרשור זה ישארו ואכן ישפוט כל קורא. היטבת להוכיח את זדונך טיפשותך ורע ליבך.
 
ומדוע

אני אומר רע לב? מילא טפשות, חוצפה ואטימות, כל אחד ראה כאן בדבריך. רע לב וזדון הוא מהסיבה הבאה - מילא בהתחלה, חשבת שיש לך איזה תרחיש או הסבר פשוט המניח את הדעת בדבר תהליכים יוצרי חיים ואבולוציה. אבל לאחר שהסברך נסתר בעליל, מכמה וכמה טעמים ברורים וחותכים, אתה - רק כדי לא להודות בטעותך, ממשיך להתחזות כטוען משהו ולהשימני כטיפש, כאשר הנושא וההשלכות הנובעות ממנו הן קיומיות וקריטיות, לזה אני קורא רע לב. אמר שלמה המלך החכם באדם - "פגוש דב שכול באיש ואל כסיל באיוולתו". רוצה לאמר - עדיף לו לכסיל לפגוש בדב שכול ולא לפגוש באיוולתו. והסיבה היא - דב שכול עד כמה שפגיעתו קשה ומסוכנת ניתן להתחמק ממנו. אבל כאשר פוגש הכסיל באחרית דרכו באיוולתו - אין לו לאן לנוס כי איוולתו היא ועצמותו.
 

vizini

New member
כל קישקושיך נסתרים ע"י הציטוט

שהבאתי מתוך המאמר: At no time during the processwere the RNA molecules isolated or puri-fied. They continued to breed true, “puri-fied” only by selective amplification basedon their catalytic function שמא אתה זקוק לתרגום?
 
הייתי מצפה

מבין הקוראים החילוניים דוקא, אשר יד להם במדעים, ויש כאן מדי פעם כאלה (שייח ספיר, גוברנור ועוד), אשר למען כבוד המדע ולמען אהבת האמת, יגיבו על הזוועה המתרחשת כאן למול עינינו. היה כאן ויכוח על הבנת ניסוי מסויים. אשר בו הושג ע"י הגברה סלקטיבית פקטור דילול של 452^10 שבסופו נשארנו עם אוכלוסית מולקולות ר.נ.א שרכשו סדרת מוטציות מוצלחות. ויש כאו ויכוח ביני ובין גוברנור, אשר טרם נגמר על משמעות פקטור הדילול והאם ניתן להסיק ממנו את ה probability של אותן מוטציות. אלא, שבנתיים קרה כאן דבר. בא אדם המציג עצמו כמדען (פיסיקאי כמדומני) בשם ויזיני. וטען שבידו מודל המסביר כיצד ניתן להגיע לדילול כזה ולהשגת תוצאות הניסוי בתהליך מחזורי בטבע. והמודל הוא כדלהלן - מתחילים עם N מולקולות ר.נ.א כאשר N/2 מסוג A ו N/2 מסוג B. ישנו תהליך מחזורי, לדוגמא יום ולילה הגורם שבכל יום מתפרקות N/2 מולקולות לנוקלאוטידים המרכיבים אותם. חצי מהמתפרקות הן מ A וחצי מ B. בלילה חלה שוב ריאקצית בניית הר.נ.א ממרכיביו. אלא שיש הבדל במהירות הבנייה. ונניח A נבנות מהר יותר. בכל לילה גדל מספרן של A בפקטור A וB בפקטור B והיחס ביניהן גדל ב A/B. לאחר K לילות יגדל היחס ל - A/B בחזקת K . וכך אפשר לאחר מספר סביר של לילות להגיע ליחס 452^10 . עד כאן מודלו של ויזיני. ולהלן טענותי אשר ויזיני מכנה קישקושים - א. לא דומה לא קשור ולא רלוונטי לענינינו. - אין כאן עניין של מוטציות בכלל. - אין כאן selective amplification. - אין כאן שום template . - באופן כללי - כל קשר בין המודל של ויזיני לניסוי שעליו דובר הוא רק המילה מולקולות המופיעה בשניהם וכאן נסתיימה האסוציאציה. ב. נעזוב את הניסוי שעליו הדיון ונתרכז במודל של ויזיני כשלעצמו. ובכן אני טוען שהוא טעה קצת. לדעתו המודל שלו יביא לאחר K ימים ליחס ריכוזים 452^10 בין A ל B ואילו אני טוען ומוכיח שהיחס ישאר 1 דהיינו שיוויון ריכוזים. הוכחתי המנומקת - מדובר כאן בשכפול. דהיינו -הנוקלאוטידים מה - N/2 שהתפרקו ביום, נבנות בחזרה בלילה על גבי ה N/2 שלא ההתפרקו. הנוקלאוטידים - אבני הבניין, מפוזרים בשלולית (או אוקיינוס) בשווה. אין שום סיבה שמולקולות A יגמרו מחזור שכפול אחד לפני ש B אפילו התחילו בו. ולכן - אפילו אם נניח שמולקולות A גמרו מחזור שכפול אחד לפני B (מה שאין שום סיבה להניח כי שתיהן ר.נ.א והשונות היא גנטית אך לא במהירות שכפול, אבל גם אם נניח) , אזי לא יהיו ל - A חומרי גלם להתחיל במחזור שכפול נוסף כי כולם תפוסים ע"י B. וכאמור - כל חמרי הגלם הם רק מה N/2 מולקולות שהתפרקו ביום - דהיינו חומר גלם למחזור שכפול אחד של ה N/2 מולקולות שלא התפרקו. ולכן - בסוף הלילה הראשון נגיע שוןב ל N/2 מולקולות A ו- N/2 מולקולות B. וכן כל לילה ובסיכום - יחס ריכוזי A ו B ישאר קבוע. כמוכן הבהרתי שאפילו אם לא היינו עוסקים בתהליך שכפול, שאז היה באמת מקום לדבר על פקטורי בנייה שונים מ A ל B, גם אז המודל סותר את חוקי התרמודינמיקה, ובהתאם לעיקרון לה-שטלייה, היות וריכוז A עולה בלילות הראשונים על B , יכפה קבוע שיווי המשקל את ירידת הפרש הפקטורים והשוואתם לאחר כמה ימים עד שנגיע לאחר כמה ימים ליחס קבוע והפרש ריכוזים קבוע. עד כאן הדברים ברורים וכבר נאמרו כולם בהודעות למעלה. אלא שהאיש הנאלח ויזיני אינו מוכן בשום פנים ואופן להודות בטעותו. ויקר לו כבודו עוד יותר מן האמת ויותר מכבוד המדע. ומעונין הוא לשמור על כבודו הרמוס אפילו במחיר הטעיית ההדיוטות שאינן מביני מדע. וכך הוא ממשיך כביכול בויכוח וזורק אמירות וציטוטים בלתי רלוונטים בעליל ומנסה למשכני לאינסוף עולמות תוהו. מלכתחילה לא היה בדעתו כלל להתמודד עם הבנת המודל המופרך שזרק כאן וחשב להגיב על כל דברי בהפנותי לפתירת תרגילים. אך הצלחתי להביאו פעם אחת לרדת לפרוט המודל ולנסות לפחות לענות ענינית ובנתנו לי הדרכה, פרט לפחות את המודל בצורה שאפשר יהיה לפחות לנפצו ולרסקו. ומאז חדל הוא להגיב ענינית ומפנה כאן שוב ושוב לאיזה לינק בלתי רלוונטי. וכשבתגובה להביאי גם כן קטע לא רלוונטי אך לפחות מן הניסוי שעליו סובב הויכוח - טען הוא שאינו יודע מהיכן ציטוטי. (נדונו לכף זכות ונאמר שזה נובע מסניליות). ועוד מגדיל הוא לעשות בהאשימו אותי פעם באי הבנה ופעם בהטעייה. ובקראו לטענותי העניניות הצודקות המנומקות ומדויקות - קשקושים. ולכן טרחתי כאן שוב, בפעם המי יודע כמה, אך האחרונה, לסכם בבהירות את הדברים, ואם למי מהמבינים כאן יקר כבוד המדע וכבוד השכל, הייתי מצפה שיעיר ויאמר את דברו, ללא קשר לדתו או אמונתו.
 

vizini

New member
אכן, זוועה.

אני מדבר על המאמר הזה: http://www.dna.caltech.edu/courses/cs191/paperscs191/Science(276)614.pdf זהו מאמר מהירחון המדעי sience, וזה הרפרנס שלו: SCIENCE VOL. 276 25 APRIL 1997 המחברים הם Martin C. Wright and Gerald F. Joyce כותרת המאמר: Continuous in Vitro Evolution of Catalytic Function האבסטרקט: A population of RNA molecules that catalyze the template-directed ligation of RNA substrates was made to evolve in a continuous manner in the test tube. A simple serial transfer procedure was used to achieve approximately 300 successive rounds of ca-talysis and selective amplification in 52 hours. During this time, the population size was maintained against an overall dilution of 3* 10^298 . Both the catalytic rate and ampli-fication rate of the RNAs improved substantially as a consequence of mutations that accumulated during the evolution process. Continuous in vitro evolution makes it pos-sible to maintain laboratory “cultures” of catalytic molecules that can be perpetuated indefinitely. אכן, לא 450 אלא "רק" 298. זה פקטור הדילול במאמר הנ"ל. פרט לכך, כל הפרטים הם כפי שתיארתי, כולל הציטוט המפריך את כל דבריו של הדב השקול האומלל. ועם זאת, כנראה, אינו יכול להתמודד.
 
האם

במאמר זה מדובר על המודל שהצעת כאן? והדרכתנו בפרטיו כאן? ושעליו הויכוח? האם יש כאן איזה חידוש שלא היה במאמר המקורי? זה שנזכר כאן פקטור דילול זה יופי. האם מוסבר כאן שהגיעו לפקטור זה ע"י המודל שלך? האם תסביר לנו בצורה מנומקת כפי שאני מסביר את דברי כיצד הציטוט שהבאת מפריך את דברי? האם הבנת בכלל מהי הגברה סלקטיבית? האם אין שום גבול לטמטום ויזיני? האם לא יהיה סוף לטפשות שלי שאני בכלל נגרר אחריך ומגיב לזיבה הנוטפת מפיך?
 

vizini

New member
כנראה שאתה בכל זאת

זקוק לתרגום. קודם כל, זהו המאמר המקורי. מאמרים מאוחרים יותר רק חוזרים על התוצאות ומשפרים אותם. איך הגיעו לפקטור הדילול? גם זה מוסבר כאן, וזה בדיוק כפי שתיארתי כאן: http://www.tapuz.co.il/tapuzforum/main/Viewmsg.asp?forum=570&msgid=21418255 הציטוט המדובר הלקוח מהמאמר: At no time during the process were the RNA molecules isolated or purified. They continued to breed true, “purified” only by selective amplification basedon their catalytic function תרגום: בשום עת במשך התהליך לא בודדו מולקולות הRNA או טוהרו. הם המשיכו להתרבות, "מטוהרים" רק ע"י הגברה סלקטיבית המבוססת על תכונותיהם הקטליטיות. מהי הגברה סלקטיבית - יצירת תנאים הגורמים למולקולות מסוג מסויים להשתכפל מהר יותר ממולקולות מסוגים אחרים. בקשר ל"טמטום" ול"טפשות" - אני מסרב לרדת לרמתך.
 
טוב שהבהרת

את הבנתך לגבי "הגברה סלקטיבית". "מהי הגברה סלקטיבית - יצירת תנאים הגורמים למולקולות מסוג מסויים להשתכפל מהר יותר ממולקולות מסוגים אחרים". ובכן, מהותה של הגברה סלקטיבית מוסברת היטב במאמר המקורי שממנו החל הדיון - " A population of variant molecules is subjected to repeated rounds of selective amplification in the test tube. Only those molecules that perform a chosen catalytic task are amplified, so that through successive rounds, the population adapts to the task at hand. " ולידיעתך, ה"תכונות הקטליטיות" שמדובר עליהם אינם ואין להם שום קשר למהירות שכפול. אלו תכונות שמקנות להם לזרז ריאקציה מסויימת כלשהיא שהיא אכן חלק מאלפי ריאקציות שדרושות לשכפול ר.נ.א כגון נניח חיבור נוקלאוטיד מסויים לאחר נוקלאוטיד אחר. או ריאקציה אחרת. אך אין לזה שום קשר למהירות השכפול של הר.נ.א. לא מדובר כאן על שתי סוגי מולקולות המתחילות משוויון ריכוזים ומגיעות ע"י המודל שלך לדילול הנזכר. לא דובר כאן על פירוק מוצרים בחזרה לחמרי גלם. ההגברה הסלקטיבית בוחרת כל פעם מולקולות המתאימות ל תבנית מסויימת (הקובעת תכונה קטליטית מסויימת) ומועברות לאיטרציה הבאה. בנוסף, אתה בעצמך הזכרת למעלה שיש הבדל בין המעבדה למה שהיה בטבע והצעת מודל לתהליך מחזורי שהיה בטבע והמודל שלך הופרך על ידי היטב היטב. האם אתה עדיין טוען שהניסוי שהבאת כאן היה במודל שהצעת? האם יש כאן תשובה על הפרכותי הברורות? לחזור עליהן שוב ויזיני? מה הבעייה ויזיני? אתה איש מדע. הצגתי כאן חישובים. חזרתי על המודל שלך בדיקנות והראתי שהוא מביא לשוויון ריכוזים ולא לשום דילול. מדוע אינך מנסה להפריך חישובי הברורים? מדוע אתה חוזר שוב ושוב למאמר זה שאינו עוסק במודל שלך? רגע, מה אתה מנסה לומר עכשיו, שאמנם אין לך תשובות על טענותי המנומקות אלא שכנראה שאיך שהוא אני טועה כי הנה יש לך ראייה שהמודל ששלך עובד? האם אתה יכול להראות כיצד באותו מאמר מדובר על המודל שהצעת? האם שכחת כבר את ששאמרת בעצמך שבטבע איא אפשר היה לעשות מה שעשו במעבדה ולכן הבאת את המודל ששלך כדי להציע מה התרחש בטבע? ענה על שאלותי ויזיני. איני מתכוון להניח לך הפעם.
 

vizini

New member
אני שמח שהחלטת לברר את העניין.

אני כבר הצגתי את הבנתי לגבי מה שהתרחש בניסוי. עדיין לא הבנתי איך לשיטתך התרחשה ההגברה הסלקטיבית. אולי תוכל להתייחס לזה לפני שנמשיך?
 
הצגת את הבנתך

אכן ראינו זאת. ופרכתי דבריך ולא ענית עד עכשיו. הגברה סלקטיבית מתרחשת כך - נותנים לכמות גדולה של מולקולות ר.נ.א להשתכפל. חלקם עוברות מוטציות. רק אלה שהמוטציות הקנו להם תכונה קטליטית מסויימת, שאינה קשורה בשום אופן שהוא למהירות שכפול של ר.נ.א מסוג A או B או כל סוג אחר אלא לדוגמא מה שהובא במאמר המקורי - "Only if the RNA enzymes added the correct nucleoside 5´-triphosphates to the end of the substrate and then joined themselves to the extended product would they become eligible for amplification" זוהי תכונה קטליטית. ורק המולקולות שרכשו תכונה זו או אחרת נבחרו והועברו לאיטרציה הבאה. ומה קורה באיטרציה הבאה? מוסיפים חומרי גלם ונותנים למולקולות ה ר.נ.א שכבר רכשו תכונה X להשתכפל ולהגדיל מספרן בטור גאומטרי. ומכיוון שגם הן בחלקן עוברות מוטציות אז חלקן הזעום רכשו תכונה Y. ושוב בוחרים את האחוז הזעום שרכשו תכונות X Y ומעבירים לאיטרציה הבאה. זוהי "הגברה סלקטיבית" וזוהי הבנת הניסוי.
 
אגב

להזכירך ולמקדך, בין אם תבין הגברה סלקטיבית כך או כך, לא נשכח את עצם הויכוח שלך שהתיימר להציג מודל כיצד יתכן דילול כזה בטבע. ובפרוש אמרת ובצדק, שבטבע אין הגברה סלקטיבית כפי שבוצעה במעבדה אלא הצעת מודל אחר. המסתמך על תהליך מחזורי. ובמודל שלך כמות חמרי הגלם מוגבל למחזור שכפול אחד. שלא כבמעבדה שבכל איטרציה נתנו למולקולות המוצלחות להשתכפל פעמים רבות. ו ה מ ו ד ל ש ל ך נ ס ת ר. ועליך להודות בכך. או לפרוש בשקט.
 

vizini

New member
"נבחרו" כיצד?

ומה בדבר At no time during the process were the RNA molecules isolated or purified. They continued to breed true, “purified” only by selective amplification based on their catalytic function ? זה ממש לא "מסתדר" עם ההסבר שלך.
 
משפט זה אומר

שהן נבחרו רק בהתאם לתכונות קטליטיות שרכשו. וכמו שהובא בניסוי המקורי - " Only those molecules that perform a chosen catalytic task are amplified, so that through successive rounds, the population adapts to the task at hand ואני שוב מבקשך לחזור למחלוקתינו ולא להסיט את הדעת. מחלוקתינו עוסקת במודל המופלא שהבאת והתיימר להציג תהליך טבעי מחזורי היוצר דילול בין A ל B. האם אתה רואה בכלל רמז ל A או B בניסוי שהבאת? ש A משתכפלות מהר יותר מ B? האם מדובר שם במודל שלך? אם לא - עזוב מאמר זה והשב על קושיותי לגוף המודל שלך.
 

vizini

New member
איך נבחרו?

הם לא טוהרו ולא בודדו. אז איך נבחרו? לא על סמך מה, אלא איך? רק זאת אמור לי. אשר למודל שלי - אל דאגה. נשוב אליו בהמשך עד שתבין אותו לחלוטין.
 
אה

אתה חוזר לשיטתו של סייברדין מפורות נטעים ושואלני כיצד נבחרו המולקולות. הנה כמה דרכים אפשריות - א. לחש כישוף כלשהוא. ב. באמצעות התאמתן ל template כלשהוא. בתור template יכול לשמש מקטע ד.נ.א כלשהו או כל סובסטרט אחר אשר נצמד רק אל המולקולות המוצלחות וכך ניתן לבודדן. ה. טכניקות רבות ומגוונות יש להם לביוכימאים לבודד מולקולות רצויות מן האחרות. ו - אולי תפילה. ז - תציע אתה. האם אין מן הצדק שלאחר שהשבתי על כל שאלותיך שתשיב אף אתה מעט על שאלותי ושנחזור למודל שלך?
 

vizini

New member
ומה אומר על כך המאמר?

הנה - After 60 min, a small portion of this mixture was transferred to a fresh reaction vessel. כלומר לא נבחרו, לא דובים (שכולים) ולא יער.
 
למעלה