whiptail lizard

תביא קישור! עכשיו! מיד!

על זה אני חייב לשמוע. שינויים בחיידקים: את רובם המכריע לא ניתן לראות במיקרוסקופ, מלבד שינויים מורפולוגיים גסים (ואלה בד"כ פחות מעניינים). ישנן הרבה טכניקות לבחינת גנומים, כמובן (PCR על נגזרותיו השונות, restriction analysis ועוד ועוד) אבל זה כבר לא נקרא "לראות בעין", כי בבדיקה כזו אתה לא מסתכל על החיידק עצמו אלא על מידע שהופק ממנו (בד"כ על כמות של הרבה חידקים, ואחרי שהרגת אותם והוצאת מהם את החומר הגנטי).
 
אם אינך מסוגל לבחון גנומים,

כיצד ניתן להסיק מתוצרים של חיידקים על הגנומים שלהם? חשבתי שמיפוי גנומים (פרוייקטי גנום) זה בדיוק זה - מיפוי של הרצף הגנטי השלם של מין מסוים. כיצד זה קורה? ורגע, אם איננו יכולים להסיק על רצף גנטי לפי חלבונים, אז איך הצלחנו לברר שקודונים ברצף מסוים מקודדים חומצות אמיניות מסוימות? אם זה נעשה יותר מדי בוצי בשביל תגובה בפורום - פשוט תגיד לי RTFM
 
תודה רבה על הקישורים

זה נראה מאד מעניין. אגב, באותו הקשר יכול אולי לעניין אותך כל הנושא של "mutational hot spots", איזורים בגנומים חיידקיים (ואולי לא רק בחידקים) שבהם יש יותר מוטציות מהרגיל, מין "שדה ניסוי" אבולוציוני. חפש ותהנה. איך ממפים גנום: מוציאים לאורגניזם את ה-DNA עצמו, פיזית (הוא נראה ומרגיש קצת כמו נזלת, אגב), ומגלים את הרצף בשלל טכניקות שבד"כ מבוססות על PCR. אי-אפשר להסיק בוודאות על רצף גנטי לפי חלבונים מכל מיני סיבות: הפשוטה ביותר היא שיש חומצות-אמינו שיש להן יותר מקודון DNA אחד, אז איך תדע אם היה כתוב tta או ttg אם אתה רואה לויצין בחלבון? הדרך שבה הגענו לטבלת הקודונים היא מעניינת מאד, ובאמת מבוססת בראשיתה על אנליזה של חלבונים, אבל אח"כ זה נהיה יותר מורכב. תלמד על זה בקורס המבוא למולקולארית. סיבה אחרת היא שאפילו אם יש לך את כל החלבונים שהאורגניזם מפיק, איך תדע מה הסדר שלהם בתוך הגנום? בלתי אפשרי, זה מידע לינארי (הגנום) שמיתרגם למידע מרחבי (כל בחלבונים בתא). וכמובן, לא כל מה שיש בגנום מיתרגם לחלבונים. יש המון רצפי-בקרה, רצפים עם תפקידים אחרים, ובהרבה מאד מקומות גם רצפים שאנחנו עוד לא יודעים מה הם עושים שם בכלל. וזה בלי להזכיר שאריות של גנומים ויראליים, junk DNA, וכן הלאה. אגב, סליחה על הבורות - מה זה RTFM?
 
אה, RTFM זה אומר

Read the fucking manual :p זה כשאומרים למישהו שלא מבין במשהו שפשוט ילך ויחפש על זה ספרות
הדברים שאתה אומר נפלאים, ואני בונה לך מקדש קטן ואקטיר שם קטורת. כה אעשה.
 
אה, הבנתי

לגבי קטורת, כבשים פועות וכאלה: גם אם אתה באמת מנסה להחמיא לי וגם אם אתה מנסה להיות ציני, לי זה לא כל-כך נוח."תודה" יספיק תמיד.
 
אה, וכמעט שכחתי - קישור

http://biosingularity.wordpress.com/2007/04/06/bacteria-vs-humans-score-one-for-us/ אגב כך - הנה עוד מאמר אדיר מהבלוג הפנטסטי הזה : מאמר שעוסק ברופאים מרושעים שהצליחו להשתלט על הגוף החיידקי שלי בשביל מטרות מועילות להומו ספיינס!!
http://biosingularity.wordpress.com/2007/05/11/scientists-equip-bacteria-with-custom-chemo-navigational-system/
 
אוקיי, מהלינק שלך לא מצאתי אינפורמציה

על עבר זוויגי. ייתכן ובסה"כ מדובר במין שהיה אל-זוויגי כבר זמן רב? אני רוצה לדעת כיצד ההפריה נעשית כאשר המין הוא אל-זוויגי? הרי, אפילו בצמחים שמאביקים את עצמם, הרי יש לך "זכר ונקבה" - זה שהם באים מאותו פרט זה כבר משהו אחר. האם נעשית כאן פעולה דומה? כיצד?
 

אוריק3

New member
חיה ומתגוררת במדבר בארה"ב הוזכר לא מזמן

בערוץ הטבע..יש שם קטע מעניין..בכדיי שאותה נקבה תתעודד לבצע את ההפריה העצמית. עולה עליה נקבה אחרת המדמה זיווג כולל של תנועות גוף ונשיכת צוואר (ממממ נעים...) ורק אז המהלך יוצר טריגר להתעברותה..כלומר המהלך הוא אבולוציוני (נסוג?) אחר מהמקובל ויוצר הפחתה איכותית. אקראי לחלוטין והשרדות הפרט עקב תקלה כל שהיא או התחלה של שינוי באופציות ערוב?
 
הממ, משכנע עבור נקבה ממין ספציפי

האם מדובר בנקבה ששייכת למין שבו הזוויגיות היא פקולטטיבית? ואם אכן כן - האם באמת ראו שיש את ה"טקס חיזור" הזה , שבו הזכר מטפס על הנקבה? נשאלת השאלה, מה יוצא לנקבה שמטפסת על הנקבה המתעברת? אה, ורגע - על איזה אורגניזם אתה מדבר בכלל? על הלטאה שאני ומייק משוחחים עליה? וחוץ מזה, אני מת לדעת איך בדיוק ההפריה העצמית מתרחשת אצל בע"ח, ואם יש הומולוגיה בין "האבקה עצמית" של צמחים להפריה עצמית של בע"ח <תחשוב, אם כן, כמה נוכל ללמוד מהשוואה לצמחים אם כן>
 

אוריק3

New member
אין זכרים שמה כלל..ונקבה עולה על נקבה ליצור

כנראה את "אפקט" נוכחות הזכר (משמש כנראה כטריגר) הסצנה צולמה ושודרה כחלק מכתבה בבי בי סי נדמה לי. מה יוצא לנקבה הרוכבת? אולי סבבה ואולי חדוות אחוות הפריה ...וכן זאת אותה לטאה..
 
"אולי סבבה"

אני חושב שעלית על משהו בהערה העוקצנית הזו - מדובר למעשה בדוגמה לאלטרואיזם הדדי - נקבה עולה על לטאה כדי לעורר את הטריגר הזה, ואז הנקבה ההיא עולה על הנקבה הקודמת וכן האלה - כולם עוזרים אחד לשני and everyone benefits עכשיו שאני חושב על זה, זה כמעט מובן מאליו.
 

JiyuuKi

New member
אבל החד תאיים

החד תאיים מתרבים בקצב הרבה יותר מהיר, כך שכנראה שלמוטציות יש השפעה גדולה יותר עליהן. וליצורים מורכבים יותר כמו הלטאות אין מנגנוני תיקון או דברים כאלה שמונעים את התבטאותן של מוטציות או את התפתחותן? בנוסף, לעומת זיווג, המוטציה היא רנדומאלית לחלוטין. כלומר, בזיווג הלטאות מערבבות גנים מוצלחים יותר, שהן נושאות כבר זמן רב, ולכן רוב הסיכויים שהם מועילים. המוטאציה רוב הפעמים רק תפגע בייצור. חוץ מזה שגם ברבייה דו זוויגית (ככה אומרים את זה?) מתרחשות מוטציות, אז זה רק מתווסף. מה שאני לא מבין הוא מה היתרון שיש ללטאה שמשתנה בקצב הרבה יותר איטי, על לטאות אחרות שיכולות להתערבב ולהשתנות? כי אם אני מנסה למצוא לזה הסברים, אז יכול להיות שהסביבה בה חייה הלטאה היא סביבה קבועה מאוד שכמעט ולא משתנה, ואז יש יתרון ללטאה שמותאמת מאוד לסביבה ולא משתנה. אבל האם האוייבים הטיבעיים של הלטאה, או הטרף שלה אינם משתנים כדי להימנע ממנה? איך היא מסתגלת לשינויים מצדם? זה נראה לי מאוד מוזר שלטאה כזו תשרוד ותיצור אוכלוסייה גדולה כזו.
 
הלחץ הברירתי החיובי הוא זמני,

<נתחיל מהסוף> - יש יתרון מסוים וזמני בזה שהלטאה מתרבה מהר ובאופן אל-זוויגי <ההפך מאל-זוויגי זה פשוט "זוויגי", אגב כך> - וזה שלא נדרשת "עזרה" מזכרים ועוד כל מיני דברים שבאים עם היתרונות שיש ברבייה אל-זוויגית, וכל זאת במין שבעבר נהנה מהיתרונות במין זוויגי - כך שהייחוד הזה הופך את המין למאוד נפוץ ומוצלח יחסית. מצד שני - חוסר הגיוון הביולוגי כנראה יגרום למין להכחד ברגע שהלחצים הסביבתיים ולכן הברירה הטבעית יתחילו לקטום את הפינות של ה"נוף הברירה" שאינן מתאימות. ככל שיש יותר כיוון, אז ב"נוף הברירה" הפינות רחוקות יותר אחת מהשנייה, ואז יש יותר מהמין ששורד שינויים בסביבה. "החד תאיים מתרבים בקצב הרבה יותר מהיר, כך שכנראה שלמוטציות יש השפעה גדולה יותר עליהן. וליצורים מורכבים יותר כמו הלטאות אין מנגנוני תיקון או דברים כאלה שמונעים את התבטאותן של מוטציות או את התפתחותן?" מנגנוני התיקון זה לא נחלתם של רק יצורים מורכבים, פולמירזים וליגזים <אנזימים שמבצעים את השכפול וכאלה המבצעים את התיקונים> קיימים בהרבה אורגניזמים, חלקם פשוטים. היחידים שאני יכול להגיד לך בבטחה שהם חסרי מנגנון תיקון כמו האיקריוטים זה וירוסים- שבגלל שהם מבוססי RNA אז יש להם שגיאות הרבה - הרבה יותר נפוצות מאשר יצורים חיים רגילים. אגב, אתה מתעלם גם מכך שיש הרבה מנגנונים אחרים מלבד מוטציית נקודה שגורמים לגיוון. איני בטוח אם הם נפוצים כמו שהם נפוצים ברב-תאיים, אבל הם נצפו בטבע .. לפחות על E.Coli , חיידק המחמד של הביולוגיה המודרנית.. אתה רוצה לדעת על מה אני מדבר? <גם ככה אני מרגיש שאני סתם יורק מונחים ביולוגים לכל עבר ושכבר הפסקת לעקוב או לרצות לעקוב אחריי>
 

JiyuuKi

New member
נו תמשיך, זה מעניין

אילו עוד גורמים יש שגורמים לגיוון? האם הגיוון הזה עובר גם הלאה לדורות הבאים? או שהוא בסך הכל צורת ביטוי אחרת של הגנים, אשר תלוייה בסביבה? ושוב, האם הגורמים האלה אינם קיימים בלטאות שמתרבות ברוויה זוויגית? אם כן, מה בעצם היתרון ברוויה האל זוויגית הזאת?
 
כמה מנגנוני גיוון שנצפו ועוד

אני חושב שיש קצת בורות בכל מה שנוגע ל"מוטציות" ול"גיוון גנטי".. זה לא כזה ביג דיל להכיר את המנגנונים , לפחות עקרונית, של התורשה <אני לומד ביולוגיה חובב מזה שנה וחצי ומתחיל ללמוד את זה באוניבריסטה באוקטובר, ואני לא יודע עד כדי כך לעומק את הטכניקליות של התורשה> אני אנסה לכתוב את זה בצורה שלא תעמיס יותר מדי, ולהבהיר את המושגים שאני אעלה. הDNA שבכל תא חי עלי-אדמות, מן החיידק הכי קטן שנמצא קילומטרים בתוך האדמה וחי על גופרית ומינרלים ועבורו חמצן הוא רעל קטלני שישמיד את כל אוכלוסיתו - ועד לג'ירפות, קופי איי-איי, כנפתונים בים ושחפים שחורי-גב בריטיים - הDNA הזה מבצע שכפול של עצמו בכל תא, כל הזמן, בכמויות אסטרונומיות. בכל תא סומאטי <התאים שמרכיבים את האיברים שלך, שאינם עוברים בתורשה> ובכל גמטה <תאי מין שבסופו של דבר גורמים להעברה של צאצאים> השכפול הגנטי של הDNA הוא מנגנון סופר-סופר-סופר-סופר-סופר מדויק. אורך מולקולת DNA , אף של חידקים קטנים ופשוטים מאוד <חידקים אינם עולים בקוטרם ליותר ממיקרומטרים ספורים, חלקם הגדול אינו ניתן לצפייה ללא מיקרוסקופ אלקטרונים חודר\סורק> מבלי להכנס יותר מדי למה מרכיב את הDNA - מה שמעניין ולגבי הDNA הוא: א.הDNA משמש כתבנית ליצירה של מולקולות RNA שונות, שבסופו של דבר מהוות בסיס <בדרכים שלא אכנס אליהן כרגע כדי לא להלאות> ליצירה של חלבונים. ומה שחשוב לדעת לגבי חלבונים הם - שאם DNA זה צופן המידע של החיים - אז החלבונים הם למעשה ההתבטאות של החיים באופן חיצוני. ב.במהלך השכפול של הDNA עלולים, לעיתים מאוד מאוד רחוקות <יחסית, כמובן, לכמות העצומה של השאר> - להתבצע שגיאות. שוב, כדי לא להכנס לעובי הקורה יותר מדי - אני רק אומר שכל שגיאה בשכפול של הDNA גורמת בסופו של דבר להתבטאות חיצונית אצל היצור החי. מה שנכון במאה אחוז להגיד גם אם אתה לא מבין כלום בביולוגיה, זה שהDNA שלך קובע את התכונות החיצוניות שלך. הצבע של העיניים שלך קבוע בDNA, ושינוי בגנים <חלקים במולקולות הDNA שלך האחראיים על תכונות מסוימות> יגרום לשינוי בצבע העיניים. השגיאות בשכפול יכולות להיות: 1.נקודתיות <מה שנקרא "מוטציית נקודה"> - שגיאות כאלה מובילות למעשה לשגיאה אחת בסה"כ של התאמת "אות" אחת באלפבית של הDNA <אני לא אפרט מה הוא ה"אלפבית" הזה, רק אומר שיש בו רק 4 "אותיות", והרצף של 4 "אותיות" אלה הוא זה שקובע למעשה את כל התכונות ביצורים החיים> שגיאות אלה רק נשמעות זניחות. מדובר במוטצית נקודה אחת ויחידה שגורמת למחלת האנמיה חרמשית - מחלה זו גורמת לשינוי קטנטן בקידוד של חומצות האמינו <יחידות הבסיס המרכיבות את החלבונים> במבנה של מולקולות ההמוגלובין. נשאי החמצן בדמנו. שגיאה אחת ויחידה זו גורמת לשינוי חיצוני עצום אצל האדם. תאיו לא משיגים מספיק חמצן. התופעה יכולה לגרום להמון סיבוכים קשים. מצד שני, מחלה זו גם מאפשרת חסינות יוצאת דופן <לפחות בצורה טבעית> למחלת הקדחת. 2.החסר - חלקים מסוימים ב"קוד" של הDNA עלולים בטעות "להשמט" מה"סיפור" של הDNA - מה שגורם לשינויים חיצוניים. 3.הוספה <insertion> - בדיוק ההפך, לעיתים אות מסוימת עלולה להיות מועתקת פעמיים 4.הכפל - חלקים שלמים של גנים, או אפילו גנים שלמים - מוכפלים במהלך השכפול הגנטי הרבה מעבר לצורך . ההכפל לעיתים אינו מזיק , אפילו אם מתרחש פעמים רבות. לעומת זאת, אצל בני-אדם מסוימים הכפל שיוצא מכלל שליטה עלול לגרום לליקויים תורשתיים חמורים <לדוגמה - תסמונת הX השביר, שנובעת כתוצאה מהכפל מאוד מוגזם של אותו הגן בDNA> 5.טראנספוזונים - תופעה שהתגלתה לאחרונה יחסית <ע"י זוכת פרס הנובל ברברה מקלינטוק, בשנות החמישים> - חלקים שלמים מהDNA שפשוטו כמשמעו "מזנקים" ממקטע אחד של DNA למקטע אחר. שינוי מיקום זה, מן הסתם, גורם לשינוי ולגיוון ביולוגי. לעיתים בצורה דראסטית ומהירה ביותר, יחסית לקנה המידה האבולוציוני הרגיל, שבד"כ עולה בקנה-אחד עם קנה-המידה הגאולוגי. 6.הפיכה <inversion> - גנים בודדים או מקטעי DNA שלמים עשויים לעבור הפיכה גמורה במקטעי DNA שהם נמצאים בהם. הבדלים רבים בין השימפנזות ובני-האדם, למשל, הם בסה"כ ביטויים חיצוניים של הפיכות כאלה על-גבי הגנומים <סה"כ הגנים בDNA של היצור החי> של בני-האדם והשימפנזות יש עוד כמה מנגנונים שאני מכיר <פעם אחרונה שהזכרתי את זה בפורום כאן, הזכרתי 14 מנגנונים> - אבל זה כבר ידרוש טיפה יותר הכרות עם מנגנוני התורשה ועם ביולוגיה, ואני אחסוך ממך את זה. מה שחשוב להזכיר זה שכל אחד ממנגנונים אלה גורם לגיוון יוצא דופן בעולם החי. כל מוטציה או מנגנון שינוי גנטי אחר גורם לשינוי בתדירות גנים שונים באוכלוסיה - ושינוי זה הוא, לפי הגדרה, אבולוציה של מינים למינים אחרים <או לתת-מינים במינים עצמם> שינויים אלה הם למעשה תוספת ה"מידע" הגנטי.
 
נ.ב-ים ותשובות לשאר השאלות

אני יכול להפנות אותך למחקרים שהוכיחו מעבר לכל ספק שאני יכולתי לעלות ששינויים גנטים שנובעים ממנגנונים של שינוי גנטי הם פלסטיים חלוטין והינם בלתי הפיכים - מה שעונה שאלתך - "האם גיוון זה עובר הלאה לדורות הבאים" - התשובה היא : "כן, תמיד, ללא יוצא מן הכלל" - מוטציות עשויות להתרחש שוב על פני אותם מקומות בDNA, אבל הן לעולם לא "חוזרות לאחור". לעולם לא. המחקר אגב הוא מחקר מדעי שסביר להניח שיגרום לך לדמוע מרוב טרמינולוגיה, כפי שלי הוא עשה. בכל-מקרה, אין צורך במחקרים חדשים שיוכיחו את זה - כי פלסטיותן של מוטציות זה דבר שידוע כבר שנים לכל אדם שאי פעם שחזה בעצמו בשינוים גנטיים ביצורים חיים. הגיוון יכול להיות כחלק מגיוון שקיים כבר <לסוגים שונים של אותו הגן במבנה קצת שונה, הגורם לביטוי חיצוני קצת שונה, קורים בביולוגיה "אללים" <allelles> - אללים יכולים ונצפו כבר נוצרים בטבע כל הזמן , כשינויים קלים או קלים פחות בגנים קיימים כבר> כמו כן, הגיוון יכול לגרום להיווצרות של : א.גנים חדשים לגמרי <נצפה בטבע, פעמים רבות ואני מכיר דוגמות> ב.רגולציות חדשות של גנים קיימים <כנ"ל> ג.תופעות ופונקציות ביולוגיות חדשות לחלוטין <אני מכיר דוגמה עסיסית שאני טורח להזכיר הרבה - החיידק שפיתח אנזים <לצורך העניין "כלי עיכול"> שמעכל ניילון. משהו שמעולם לא היה קיים בעבר, ומן הסתם - הניילון עצמו הומצא רק במאה האחרונה , כך שמן הסתם לא היו יצורים שיכלו לעכל ניילון לפני שהניילון היה קיים בכלל, שכן הוא סינתתי לחלוטין> ד.מינים חדשים - אני מכיר מספר דוגמות, ובTALKORIGINS יש תריסר או שניים של דוגמות למינים חדשים שנצפו נוצרים בעשורים האחרונים. " ושוב, האם הגורמים האלה אינם קיימים בלטאות שמתרבות ברוויה זוויגית? אם כן, מה בעצם היתרון ברוויה האל זוויגית הזאת?" בכל יצור חי המבצע שכפול קיימים כל המנגנונים הגנטיים הקיימים. יש חיידקים שאצלם הגיוון הביולוגי הוא גדול הרבה יותר מאשר אצל חיות גבוהות. אצל לטאות אלה, כמו כל יצור אחר, יש שגיאות העתקה מדי פעם. אבל הגיוון בסופו של דבר הוא נמוך יותר משום שמדובר ברבייה אל-זוויגית.
 
טל"ח קטן -

למרות שזה די ברור - שכחתי לציין שמולקולות DNA הן מולקולות ענקיות המורכבות מכמות עצומה של מרכיבים. זה קצת מובן מאליו, אבל די הפסקתי פסקה באמצע
 

amphioxus

New member
אני שמעתי שיצורים מורכבים שמתרבים באופן לא

אני שמעתי שיצורים מורכבים שמתרבים באופן לא מיני נוטים להיות לא יציבים ונכחדים במהירות. מישהו יודע למה?
 
למעלה