קודם כל, מהירות האור היא מספר ייחוס
המהירות היא לא בערך אלא בדיוק 299,792,458 מטר\שניה. כך הגדירו אותו ולפי המספר הזה מחשבים את גודל המטר.
אבל לא הבנתי בדיוק מה אתה שואל. אתה שואל למה רושמים c ולא פשוט מספר? אם כך, תוכל להסתכל על היחידות של המשוואה: אנרגיה נמדדת בג'אול - כלומר kg*m^2/s^2
מסה נמדדת ב-ק"ג. בשביל שלמשוואה תהיה משמעות פיזיקלית חייב להיות מקדם שיחידותיו יהיו m^2/s^2 כדי ששני צידי המשוואה יהיו ביחידות של kg*m^2/s^2. היחידות של מהירות הן m/s ולכן המקדם הנדרש הוא מהירות בריבוע. אם היית שם פשוט מספר לא היית יכול להשתמש במשוואה באף סט יחידות אחר.