תמציתי, כללי וסובייקטיבי (מאוד)
ע"ס נסיון מה בשתי השיטות להלן ההבדלים "הבולטים" (יש המוון הבדל ברמת הפילוסופיה, שאליו מגיעים ומתוודעים רק בשלבים מאוחרים ומכיוון שההסבר כאן הוא סובייקטיבי, אין לי חשק להכנס לכך): ברמת העבודה/הטכניקה: הג'ו-ג'יטסו נוטה/דומה הרבה יותר לאיגרוף-תאילנדי, הן מבחינת העבודה של כח והן מבחינת התבססות רבה (בעיקר בקרבות חפשיים) על איגרוף, בעיטות וכיו"ב. הנינג'יטסו, לעומתו, יותר "עגול" ו-"רך" ומחפש את הנקודות הרכות והחלשות של היריב. כל הנ"ל מופיע ומאפיין גם הפילוסופיות של 2 השיטות. אם כי (הבהרה חשובה!) - הג'ו-ג'יטסו בפירוש הנו אמנות לחימה "עגולה", שכן מחפשת את "הכניסות מהצד ומאחור" (רק שבנינג'יטסו זה יותר מודגש ובעיקר מודגשת בנינג'יטסו הרכות, שמהווה חלק מרכזי מנושא ההטעייה). הבדל נוסף (ושוב - פרשנות סובייקטיבית שלי) הנו נושא "הכבוד הסמוראי": בג'ו-ג'יטסו בהחלט קיים נושא "הכבוד" ליריב. בנינג'יטסו אין את זה (If you have to shoot - shoot, don't talk - זה העיקרון המנחה...).