הבדיקה מבוצעת כדי לענות על שתי
שאלות: מה הסיבה לאפילפסיה, ואיפה במוח מצוי המוקד האפילפטי. בדיקת הMRI היא שיטת הדמיה מדויקת, אמינה ובעלת רגישות גבוהה בזיהוי פגמים מבניים של המוח, המאפשרות לזהות את המוקד האפילפטי, כאשר הוא מלווה בפגם מבני כמו הצטלקות או גידול. בדיקת הMRI רגישה באופן ניכר לעומת סקירת סי טי. לא תמיד אפשר לזהות את המוקד האפילפטי על ידי הMRI. לעיתים המוקד האפילפטי אינו כרוך בשינוי מבני כלשהו או ששינוי זה קטן מכדי לזהותו. כמובן ייתכנו פגמים מבניים בבדיקת MRI שאינם מהווים את המוקד האפילפטי. היום מומלץ באופן חד משמעי לבצע בדיקת MRI בכל חולה הסובל מאפילפסיה בלתי נשלטת על ידי תרופות. רופאים רבים העוסקים באפילפסיה סבורים שכל חולה הסובל מאפילפסיה מוקדית חייב לעבור בדיקת MRI של הראש, אך לדעת רופאים אחרים, יש לבצע בדיקה זו רק בחולים במצב חמור. בהצלחה.