הרשאות
ב- NTFS אפשר להגדיר הרשאות כתיבה לקבצים ולתיקיות וע"י כך להגביל את הגישה אליהם למשתמשים מסויימים. זה נכון גם לשם הגבלת היכולת של תוכנה מסויימת לעשות מה שהיא רוצה במחשב שלך. ב- NTFS רגיל ניתן לעקוף את ההגנות בקלות עם יש גישה פיזית למחשב, ע"י למשל ביצוע boot מלינוקס, או מ- DOS עם דרייברים כגון NTFS4DOS. יש גם הבדלים רבים בכל מה שקשור לביצועים ולנוחות עבודה ולאמינות.