אה.. לפי מה שהבנתי מהאתרים
קוגה נינג'יטסו שם יותר גדש על מהות הנינג'ה ויותר מתרגל כל מיני אקרובטיקה/התגנבות/פעולה בשטח, והיכולת להסתתר וכו' ואילו בודו נינג'יטסו שם דגש גדול יותר על הלחימה עצמה, ויותר קרוב לאומנויות לחימה יפניות אחרות כמו קארטה למשל בתורת הלחימה שלו. תתקנו אותי בבקשה אם טעיתי...