חלק מהבעיה היא מיעוט המחקר בנושא
הספלולים מציבים כמה וכמה בעיות בפני מי שחוקר אותם.
בעיה ראשונה מציב מיקומם, על גבי סלע, לעיתים מנותק מאתר מזוהה. במקרים בהם הספלול נמצא ממש בתוך האתר ניתן לשייך אותו, אבל כל כך הרבה מהספלולים נמצאים על משטחי סלע ומהווים סוג של אתר שקשה למקם כרונולוגית.
לרוב אין להם קשר חד משמעי עם ממצא נוסף שיכול לסייע לתיארוך.כלומר, גם אם יש בתוכם מילוי אדמה, נדירים בהם, יחסית, ממצאי צור המשמשים עזר תיארוך לתקופות הפרהיסטוריות. הרבה מהספולים כלל אינם מכילים ממצאים ואדמה, אלא מתגלים חשופים וריקים.
מיעוט המחקר בנושא מוביל להעדרה של טרמינולוגיה מסודרת ומוסכמת ולהעדרן של שיטות מחקר מסודרות ומוסכמות על החוקרים. נוצר מצב שבו מי שחוקר את התופעה צריך 'להמציא את הגלגל' בכל פעם מחדש. בשנים האחרונות יש ניצנים של שינוי. בכנס האחרון של העמותה הישראלית לפרהיסטוריה היו שתי הרצאות שהתייחסו, ישירות, לנושא. באחת, הציעו חוקרים חיפאיים מערכת מסודרת לטיפולוגיה וטרמינולוגיה של כלי אבן, ובכללם ספלולים. באחרת הציעו חוקרות ירושלמיות, בעקבות עבודת שדה יוצאת דופן, לזהות ספלולים עם פעולת חציבה של צור.
תמונת המצב המחקרי העגומה גורמת לרבים מהפרהיסטוריונים להזניח את החלק הזה בדו"ח החפירה. מזכירים את קיומם של הספלולים, לעיתים מצלמים כמה מהם, אבל ברבים מהדוחות אין מידע שיטתי ומסודר ונסיון לחקור את התופעה באותם סטנדרטים בהם נחקרים כלי הצור והעצם או הארכיטקטורה. (כן, זה נשמע כמו 'אויויוי' של חוקרי האבן). דעתי בנושא (המאסטר שלי עוסק בתופעה אחרת מתחום כלי האבן שאינם צור) היא שהספלולים הם חלק ממערך כלי האבן ששימשו, בעיקר, לעיבוד מזון. הם משמשים כמכתש נייח למגוון פעולות ריסוק וטחינה. עדויות אנתרופולוגיות לשימוש כזה בספלולים ניתן למצוא בתרבויות הילידיות של אמריקה הצפונית ואוסטרליה. קשה להסביר את 'שדות' הספלולים שהתגלו באתרים רבים (באזור מודיעין, למשל). מה הצורך בעשרות מכתשים זה לצד זה? אם נפנה שוב אל האנתרופולוגיה, נראה ששדות כאלו נמצאים בשטחי ששימשו להתכנסות השנתית של שבטים. אזורים בהם ישבו עשרות נשים והכינו אוכל להמון הרב שנפגש שם. אזור הפעילות היה לא רק מקום להכנת המזון. הכתישה המשותפת היוותה הזדמנות להתעדכן בקורות הנשים בשנה שחלפה, להחליף מידע ורכילות ולתכנן שידוכים וחגיגות. עד כמה התמונה הזו יכולה להתאים לשדות בספלולים בארץ? קשה מאוד לענות ללא מידע נוסף. ומידע כזה, כאמור, כמעט ואין.