תשובה חלקית כי...
יש המון סוגים שונים של טרנספוזיציות ככה שסביר שכלום לא גורף, אבל למיטב זכרוני למרביתם יש רצפים חוזרים של בסיסים בקצוות המקטע שאותם מזהה הטרנספוזאז כשהוא חותך אותם (טרנספוזונים לא אוטונומיים לפעמים מורכבים רק מהרצפים החוזרים אם אני לא טועה, אלמנטיים אוטונומיים בטוח מכילים גם מקטע שמקודד לחלבון, מן הסתם).
ככה שאני לא יודע למה הכוונה שלך בדיוק ב'להכווין', אבל ההגיון שלי אומר שכן יש רצפים מסוימים ב-DNA שאותם מזהה הטרנספוזאז בעת הפעולה שלו, ולכן תיאורטית אולי אפשר לבחור טרנספוזון שמקודד לטרנספוזאז שמתאים לרצף שלך, אבל זה אני לא יודע אם אפשר להכריח אותו לחתוך ולהחדיר בדיוק בנקודה מסוימת או שהוא יחתוך בכל הנקודות שימצאו מתאימות (אולי על מקטע DNA קצר יחסית שיש בו מעט אתרי חיתוך מתאימים).
בכל מקרה - ממליץ לך לשאול פה בפורום
ביולוגיה ומדעי החיים - יש שם כמה מומחים בתחום שתמיד שמחים לעזור.