הם הולכים לסבך את העלילה
בסרט השני סטרייקר אומר שלוגאן איבד את הזיכרון לפני 20 שנה, מה שאומר ש-20 שנה וולברין עסק בחיפוש אחר הזיכרון שלו במשך 20 שנה, וזו כנראה תהיה תקופת העלילה בסרט. אבל - בסרט הראשון הוא פגש את סייברטות' ובשני את דת'סטרייק, מה שאומר שהוא לא פגש את שניהם קודם והם לא חלק ממסעותיו בכל ה-20 שנה האלה. אז מי הנבלים שנשארו לנו? וונדיגו וסילבר סמוראי. אבל - וונדיגו הוא נבל שאין לו הערצה כמו לנבלים האחרים והוא לא מסוגל לתפקד כנבל עיקרי במשך כל הסרט. סילבר סמוראי הופיע במשחק מחשב שהעלילה שלו מתחרשת בין הסרט השני לשלישי, בניגוד למשחקים כמו ספיידרמן 1, ספיידרמן 2, וארבעת המופלאים שדחפו מלא נבלים שלא הופיעו בסרטים. כל הנבלים האלה לא משפיעים על העלילה של הסרטים. אבל - פוקס הכריזו שהעלילה של המשחק X-Men The Official Game כן מתרחשת בין הסרטים וכן משפיעה (ומסביר למה נייטקראולר לא הופיע בסרט השלישי ולמה פיירו הצטרף לאחווה), ובמשחק וולברין פגש את סילבר סמוראי בפעם הראשונה. בנוסף דת'סטרייק מתה פעמיים, בסרט השני ובמשחק. אז ככל הנראה הסרט לא יתרחש לפני הסרט הראשון אלא בזמן אחר, אלא אם הם מתכוונים לחרבש את כל העלילה כצפוי.