ספרית PDO הינה בסה"כ שכבת אבסטרקצית OO מעל libmysql - הרעיון הוא שכבה אחידה שבה כל lib מוגדר כ-driver.
ה-driver של mysql עבור PDO הוא wrapper ל-libmysql בדיוק כמו ש-mysqli נכתב מעל libmysql.
ההבדל היחיד (PHP53) שקיים הוא היכולת להשתמש ב-PDO עם mysqlnd (או בשמה mysql native driver) שהיא ספריה חדשה יחסית שנכתבה עבור PHP ואינה מבוססת libmysql אלא שכתוב חדש של ספרית החיבור.
כמו כן, mysqlnd הינה הרחבה עצמאית ל-PHP למי שרוצה להתנסות איתה. החל מ-php53 היא אמורה בהדרגה להחליף את ההרחבה mysql.