עקרונית לא, תלוי במוסד ובדרישות שלו
מבחינת קבלה, אני מעריך שלא משנה בכלל אם עשית דו-חוגי או חד חוגי.
מבחינת השלמות, בתל אביב-מדמ"ח למשל, יבקשו ממך להשלים סיבוכיות ולוגיקה אם לא עשית אותם בתואר הראשון. אני משער שלוגיקה היא קורס חובה בדו-חוגי, פחות בטוח לגבי סיבוכיות.
בכל מקרה, ממליץ לחשוב 10 פעמים לפני שהולכים על תואר שני 'מדעי'. שנתיים מהחיים זה זמן יקר.