פתירת הבעיה מהשורש
כמו כל שיטה הוליסטית, גם פרחי הבאך תוקפים את שורש הבעיה ולא את הסימפטום, כלומר באים לפתור את המצב הריגשי, במקרה הזה, או הנפשי , הגורמים להופעת האלרגיה ולא מרגיעים את הנזלת או הפריחה. על פי תפיסת גוף-נפש, אלרגיה היא אתרעה של הגוף מפני סכנה. אלרגיה נוצרת כאשר אנו חווים ארוע טראומטי בילדות המוקדמת (0-7). לדוגמא- הכניסה לכיתה א' הייתה טראומטית עבורך מאיזושהי סיבה. המוח רשם את כל הנתונים שהיו בסביבה בזמן הארוע הטראומטי- עונת השנה, השעה ביום, איזה עצים פרחו בסביבה, איזה בד לבשת, מרכיבי הבושם של המורה וכו'. אם את במצב נפשי חלש, פגיע, רגיש, וכו' שמזכיר את המצב הנפשי שבו היית ביום הטראומה, ואחד מהמרכיבח הסביבתיים שהמוח רשם קיים גם הוא בסביבתך, תופיע אלרגיה. פרחי באך יעזרו לפתור את המצב הריגשי הזה ולשנות את יחס המוח אל הארוע שנרשם כטראומטי.