לא עושים את זה...
יש אפליקציות WRAPPER שיודעות לעשות את זה, אבל גם הן פשוט מפעילות JVM ומריצות בו את ה-CLASS המתאים. באופן עקרוני אי אפשר לקמפל את ה-CLASS-ים ל-EXE עצמאי, אלא צריך להריץ דרך JAVA תמיד. כמובן שאתה יכול לעשות את זה (ב-C):
int main() { System("java MyMainClass"); return 0; }
אבל זה כמובן פתרון מכוער.