אני חושבת שזה תלוי הקשר
אם הכוונה היא להציג רק את המספר, כיחס טהור ותו לא, אז "אחת למיליון" (מספר סתמי). אבל אפשר גם להשתמש בשם עצם, למשל "מקרה אחד למיליון" ואני לא רואה בכך בעיה.
במשפט שנתת מתאים השימוש בנקבה, כי לדעתי מתחבאת שם המילה "פעם": הוגדר כנס רפואי המתרחש (פעם) אחת למיליון (פעמים). עם זאת, יש לי תחושה שהניסוח של המשפט לא נשמע מוצלח במיוחד... אם מדובר בטקסט "רציני" התוכן נשמע קצת מדובר (הרי הכנס לא באמת מתרחש אחת למיליון...).