אין לכאורה קשר בין שתי המחלות- יש דיווחי מקרים בודדים על שילוב של שתי המחלות אצל אותו חולה אך זה נדיר מאד- קשר אפשרי נוסף הוא דרך התרופות- תרופות כגון סלזופירין או רפסל שהנם בשימוש בCROHN עלולות לגרום ללופוס תרופתי - במקרה זה הלופוס הפיך עם הפסקת התרופות
