בשביל הפרוטוקול
למעשה, הכללים לא לגמרי ברורים. יש כל מיני יוצאי דופן וחריגים. הסיבה לכך היא, שאת הניקוד שאנו מכירים, הניקוד הטברני, המציאו בעלי המסורה, בסביבות המאה השמינית לספירה. סימני הניקוד נועדו לציין את צורת ההגייה של העיצורים, בעיקר במקרא, היות שהכתב העברי, כידוע, נעדר תנועות. בעלי המסורה לא היו בלשנים, והם לא ניקדו לפי כללים כלשהם. הם רק תיעדו את צורת ההגייה של המילים על פי המסורת שהיתה להם. פירוש הדבר, שאם היה להם סימן אחד לפתח וסימן אחד לקמץ הם ממש שמעו אחרת את התנועות, וכך גם לגבי צירי וסגול. ברבות הימים, הגיית המילים השתנתה, והיא אף שונה מעדה לעדה. עם זאת, הניקוד הטברני התקבל על כולם. כבר בימי הביניים היו מדקדקים שהתחילו לבחון את הטקסט המקראי מבחינה לשונית, ובכלל זה גם את הניקוד. כללי הניקוד שמלמדים בבית הספר, אם כן, הם רק ניסיון מאוחר לנסות למצוא שיטה בשימוש בסימני הניקוד. בעלי המסורה, כאמור, לא פעלו לפי שום שיטה (מלבד תיעוד), ולמעשה, הרבה מהכללים שבשיטה הזאת הם סתם פיקציה.