חברים יקרים

[פגוש בדב שכול]

עוד הערה לתועלת הקוראים

גם אם נניח לרגע שלא מדובר במולקולות משתכפלות. שאז ודאי אין לזה שום קשר לענינינו, אבל נניח. סתם, מולקולות A ו B שמתפרקות ונבנות בחזרה לפי המודל הבוגומולי של ויזיני. עם הפקטורים שציין. זאת יש לדעת - ריאקציות כימיות נשלטות ע"י קבועי שיווי משקל. וקבועי שיווי המשקל הם המכתיבים את ריכוזי המגיבים והתוצרים. אז אם לפי קבוע שיווי המשקל יצא שבמחזור הראשון גדלו A בפקטור A ו B בפקטור B, אותו קבוע שיווי משקל הוא זה שיכפה את ירידתו של הפרש הפקטורים ממחזור למחזור. ואדרבה, ככל שהפרש הפקטורים גדול יותר - ירידתו ממחזור למחזור תהיה דרסטית יותר. דהיינו - לאחר כמה מחזורים ישוו הפקטורים והיחס ישאר קבוע. וזוהי הסיבה שאין בטבע פורפטומובילות כמו שמאמין ויזיני.

 

[vizini]

הערה מתקנת לטובת הקוראים -

תכונות השכפול של המולקולות תלויות במשתני סביבה שאינם ריכוז מגיבים ותוצרים, וכן בתכונות המולקולות עצמם. ולא רק שיש כאלה בטבע, אלה אותן מולקולות עצמן שבהם השתמשו החוקרים בניסוי. אני מניח שדב שקול יטען שאלוהים בכבודו ובעצמו סינטז את המולקולות האלה שלא קיימות בטבע לטובת הניסוי. אלא מה, לא ראיתי את שמו ברשימת הכותבים של המאמר. גם ברפרנסים הוא לא מופיע...

 

[פגוש בדב שכול]

למען הכימיה

היקרה לי אעיר - א. הודעתי זאת שעליה הגבת נסבה כפי שצויין בה, על מולקולות הנבנות לא בתהליך "שכפול". לגבי תהליך "שככפול" כבר טאטאתי את צועתך למעלה. אגב, רק עכשיו אני קולט שכנראה אינך יודע שכפול חומצות גרעין מהו ואינך מבחין בין תהליך שכפול שפרושו בניית עותקים של תבנית קיימת לבין ריאקציות אחרות שהן התרכבות אבני בניין ללא תבנית משתכפלת. "ולא רק שיש כאלה בטבע, אלה אותן מולקולות עצמן שבהם השתמשו החוקרים בניסוי" - עד היום לא ידעתי שיש כזו כמות של כיעור בטבע כפי שהצטבר בנשמתך. את משתני הסביבה העלובים שלך כבר הבנו. איננו עוסקים כרגע בהבדל בין משתני הסביבה בין היום ללילה (אגב, אתה יכול לציין את שם המולקולות המופלאות האלו שמתפרקות ביום ונבנות בלילה או להפך?). אנו עוסקים בלילות עצמם שבהם היה חל תהליך הבניה. האם הזכרת במודל שלך שיש שינוי משתני סביבה מלילה ללילה? וא"כ - היות ושלא כדבריך - כל תגובה כימית כן תלויה בריכוזי המגיבים ותוצרים. והואיל וקבוע שיווי המשקל של הריאקציה הוא מנת מכפלת ריכוזי התוצרים חלקי מכפלת ריכוזי המגיבים, לכן לאחר הלילה הראשון שבו עלה ריכוז A בפקטור מסויים ו B בפקטור מסויים, על פי עקרון לה-שטלייה שלומד כל סטודנט שנה א' תשאף המערכת להקטין את הפרש הפקטורים ולהגיע לשיווי משקל. ולסיכום - אין. לא היה. לא נמצא. לא בטבע ולא במעבדה, לא נמצאו שום מולקולות ושום תהליך, מחזורי או לא מחזורי המביאים ממצב של שוויון ריכוזים למצב של יחס 452^10 בריכוזים.

 

[vizini]

"יקרה לך" - הצחקתני.

ואני משוכנע שאינני היחידי שצוחק... אז ככה - דבריך על הריכוזים הם שטותיים ומעידים על חוסר הבנה עמוק של מה שמדובר כאן (חוסר הבנה מעושה אולי?) הריכוזים היחידים הרלוונטים הם המולקולות מסוג A, B וחמרי הגלם. חמרי הגלם משותפים לשני סוגי הריאקציה ולכן צריך רק לדאוג שיהיו מספיק מהם. ולכך דואג התהליך המחזורי (יום ולילה הוא רק דוגמא, אחת מיני רבות. ישנם אלפי תהליכים מחזוריים שיכולים לשמש באותה מידת הצלחה). והבדלי הריכוזים בין מולקולות A ו-B נלקחים בחשבון במהלך החשבון שאתה מסרב לעשותו כהלכה...

 

[פגוש בדב שכול]

מדהים

אמרת בפרוש - ""ולא רק שיש כאלה בטבע, אלה אותן מולקולות עצמן שבהם השתמשו החוקרים בניסוי". אתה יכול לעמוד לפחות אחר המשפט הזה שלך ולציין את שם המולקולות המופלאות? וגם אם לא תרצה לציין את שם המולקולות, התעמוד לפחות מאחר הבנתך שבמעבדה השתמשו בשני סוגי מולקולות A B בעלות הפרש פקטורי שכפול? האם הבנתי נכון שלא קלטת בכלל שהמולקולות המשתכפלות במעבדה הן ר.נ.א אשר כל שוני ביניהן מתבטא בשינויי תכונות זעירות כל שהן כתוצאה ממספר מוטציות - חילופי סדר נוקלאוטידים. אך אין שינוי פקטורי שכפול ביניהם? האם תואיל להסביר היכן נכנס עניין ה template בניסוי להבנתך? אותן מולקולות? אמרת זאת בכזו ביטחה - ציין שמן. ואם לא - נדע בדיוק מה אתה ומי אתה.

 

[vizini]

הנה הקטע הרלוונטי מן המאמר:

Using the population of ribozymes thatresulted from the rapid evolution procedure,we initiated continuous evolution. Approx-imately 1011RNA molecules were added toa reaction mixture containing substrate,Moloney murine leukemia virus reversetranscriptase, DNA primer (used to initiatereverse transcription), deoxyribonucleotidetriphosphates (dNTPs), T7 RNA polymer-ase, NTPs, and buffer. After 60 min, a smallportion of this mixture was transferred to afresh reaction vessel. The process was con-tinued for 100 serial transfers and resultedin an overall amplification of 310298(Fig. 3A). At no time during the processwere the RNA molecules isolated or puri-fied. They continued to breed true, “puri-fied” only by selective amplification basedon their catalytic function.As the evolution proceeded, the pace ofselective amplification quickened. At theoutset, the doubling time was about 12 min.During transfers 51 to 58, exponentialgrowth occurred with a doubling time ofless than 2 min (Fig. 3B). שים לב במיוחד לקטע הבא: At no time during the processwere the RNA molecules isolated or puri-fied. They continued to breed true, “puri-fied” only by selective amplification basedon their catalytic function

 

[פגוש בדב שכול]

לא. הנה הקטע הרלוונטי

is subjected to repeated rounds of selective amplification in the test tube. Only those molecules that perform a chosen catalytic task are amplified, so that through successive rounds, the population adapts to the task at hand. We can select from among trillions of variant molecules in less than 1 hour. This ability enables us to evolve nucleic acids rapidly, compared with the rateat which whole organisms evolve naturally. CONTINUOUS IN VITRO EVOLUTION A major research effort in the laboratory is the in vitro evolution of RNA enzymes with RNA polymerase activity. This activity is a stepping stone to the development of RNA enzymes that catalyze the replication of RNA. Currently, we rely on polymerase proteins to replicate the RNA molecules during in vitro evolution. Ultimately, we would like the RNA molecules to catalyze their own replication so that darwinian evolution could operate in a self-sustained manner. Recently, we developed the ability to carry out continuous in vitro evolution of RNA enzymes with RNA polymerase activity. During continuous evolution, RNA molecules that catalyze a target reaction are immediately eligible for amplification, and newly produced RNAs are immediately eligible to catalyze another reaction. This situation enables us to maintain laboratory "cultures" of evolving RNA enzymes ושים לב במיוחד לקטע הבא - enzymes with RNA polymerase activity. During continuous evolution, RNA molecules that catalyze

 

[vizini]

אתה יכול להביא קטעים מאיזה מאמר

שתרצה, ועדיין עליך להתמודד עם הקטע שאני ציטטתי. אגב, הציטוט שלי נלקח מכאן. זהו מאמר שפורסם ב- nature. אינני יודע מהיכן נלקח שלך.

 

[פגוש בדב שכול]

אגב

בפעם הבאה, כשאתה מנסה לזרוק כאן איזה טקסק רנדומאלי כדי לגרום למישהו לחשוב שאתה טוען או עונה משהו, השתדל נא לפחות שהטקסק הרנדומאלי שאתה בוחר יהיה מן הניסוי שבו מדובר. ולא שלעצם איכות תשובתך יש איזה הבדל בין המקרים, אבל סתם, עשה זאת למען מראית העין.

 

[vizini]

חי חי חי. הבט למעלה... ../images/Emo13.gif

 

[vizini]

הצעה

הורד את המאמר, הדפס וקרא אותו. תוכל להקדיש לכך את השבת הקרובה. אולי תלמד מזה משהו...

 

[פגוש בדב שכול]

חן חן

על ההצעה. ודאי שכחת שהשבת היא שבת סוכות חג קדשינו. ולכן, במקקום לקבל את הצעתך, אשב לי השבת בסוכתי אי"ה מוקף בבני ביתי כולם כשתילי גפן ואשמח בחגי. ונופך נוסף של שמחה יתווסף לי בחג זה בידעי עד כמה שאתה בזמן זה תאכל את ליבך. עד כי אומר למשחית הרף - שבעתי נקמה. חג שמח

 

[vizini]

שיהיה לך חג שמח.

ולמען בריאות נפשך - מוטב לך להימנע מויכוחים בעניינים שלא נהירים לך כל צרכם.

 

[Governor]

תמיד ישאר זמן למחמאות. נסה בינתיים

לטעון טענות קוהרנטיות במקום אלה שנדחו... 0284392000

 

[פגוש בדב שכול]

אנסה

טענות קוהרנטיות ביותר כבר עניתי לך. ומה עניתני? "ידידי המתוסכל, לא משנה מה אתה טוען.משנה מה אומרים החוקרים. חזור וקרא את המאמר בעיון." הרשה לי לענות לך - ידידי המתוסכל, לא משנה מה אתה טוען.משנה מה אומרים החוקרים. חזור וקרא את המאמר בעיון. ולא מפני שאתה אמרת אז גם אני אומר. אלא שהוצאת המילים מפי. שהרי סוף סוף, המחלוקת היא לא ביני לבין החוקרים אלא ביני ובינך על הבנת הניסוי ועל אם אפשר להסיק את ההסתברות מפקטור הדילול. הצעתי לך לפנות לאותו מדען ולהציג בפניו את שני הפירושים ולשאלו. אינך עושה זאת משום מה. אז בא נבהיר איש לרעהו את הבנתו ונראה איזו הבנה תעמוד. והיות וההודעה האחרונה לבטח תהיה שלך, ועוד נראה לי שאתה בונה גדולות ונצורות על עניין זה, אז מה אכפת לך? בא נחתור לכמה הסכמות. והיות ואת פרושי כבר שטחתי כמה פעמים ואתה את פרושך פרשת לראשונה אתמול, הבה נבין את פירושך. אנא בטובך ענה לי על השאלות הבאות: 1. אני הבנתי את הבנתך בניסוי כך: מבחנת הניסוי מכילה כמות מסוימת של ר.נ.א רנדומאלי. מספקים חמרי בנין וגורמים לשכפול. מבין כל המשוכפלות, בוחרים את מולקולות הר.נ.א שעברו מוטציה שהתאימתן ל template מסוים. ו - מה עושים איתן? מעבירים למבחנת ה result? או משאירים במקומן בנתיים? כך או כך, הריאקציה הגיעה לשיווי משקל ונפסקה ולכן מדללים - דהיינו מוציאים 999/1000 מהמבחנה וממלאים מחדש באספקה טריה והתהליך חוזר על עצמו. כך עושים 150 פעמים. האם הבנתי נכון את פרושך? אם לא אנא תקנני. במילים. לא בלינקים חסרי שחר. אמור אם כך הבנת או היכן טעיתי בהבינך. 2. האם נכון הוא שלפרושך מדובר ב template אחד? אשר המולקולות המתאימות לאותו template נבחרו שוב ושוב 150 פעמים? 3. אם אכן הבנתי נכון וכך אכן הבנת - הסבר נא לי מדוע זה נקרא דילול של 452^10? באמת, את כל תאי מוחי אני מנסה לגייס לעזרתי ואיני מצליח להבין זאת. מה פתאום? הוסיפו 150 פעם X הספקה טריה וכל פעם השאירו רק X/1000. ובסך הכל זהו פקטור דילול של 3^10. מדוע 452^10? התענה על שאלות אלו ונתקדם? או תיתלה בצלוב ותאחז בדרכך שלא לענות?

 

[פגוש בדב שכול]

החלפת שאלה

חזרתי שוב כעל פרושך וראיתי שאמרת - "ואלפית מהן הועברה לכלי חדש עם אספקה טריה" קיבלתי תשובה לשאלה 1. נשארו 2 ו 3. האם template אחד? ומדוע זה נקרא דילול של 452^10? אבל דבר אחר איני מבין - 4. "אלפית מהן"? אלפית מה"מוצלחות"? מדוע לא להעביר את כל המוצלחות למבחנה הטריה?

 

[Governor]

`הגעתי לכאן עקב חופשת מחלה ונשארתי

למשך כל הימים הנוראים` אני שמח ששבת לאיתנך `לגוברנור - אם תחדש משהו בעניין 452^10 - אני כאן` נסה לדחות את התשובה בנמוקים מוצלחים יותר `זכר ונקבה`?, `דיפרנציאציה`? ננסה לטפל גם בזאת. הנושא, עד כמה שהוא מרתק, אינו נהיר לי. 0284392000

 

[vizini]

תשובה על קצה המזלג לגבי זכר-נקבה

ראשית, ברורים הייתרונות של רביה זויגית. הם מאפשרים עירוב של גנים ויצירת צירופי גנים מהר יותר משעושות זאת מוטציות. מדוע זכר-נקבה? ובכן- דוקינס בספרו "הגן האנוכי" נותן לכך תשובה. הנקודה נעוצה באסטרטגיות השונות שבידי הפרט להפיץ את הגנים שלו. איסטרטגיה אחת היא ליצור צאצאים רבים ככל האפשר ולהשקיע מעט בכל אחד, והאסטרטגיה השניה היא ליצור מספר מועט של צאצאים ולהשקיע בהם יותר. והנה מסתבר, כי אם מתחילים עם רביה זויגית עם השקעה שווה של בני הזוג, זהו איננו מצב יציב, והמצב היציב הוא ששני בני הזוג שונים מבחינת השקעתם. (כאן ההשקעה היא במשאבים כגון יצירת הזרעים או הביצית, וגם הטיפול בצאצאים). שוב - מומלץ לקרוא את הספר.

 

[אׁ]

visini היקר

על היתרונות שישנם בצורת העבודה של זכר ונקבה לא היית צריך לספק לנו מר דב שכול שאל אותך לגבי דרך היוצרותם. איך התפתחו אותם מנגנונים מופלאים. איך התפתחו לא פעם אחת ולא פעמיים מה שקורים convergence קרה כאן א(או לצורך ההכירות - אופיר מ O F I R L - רציתי שם יותר, אתה יודע, עברי)

 

[אׁ]

הוסף "כמה פעמים" לאחר המילה

convergence וכן קפד זנבו - במקום "לספק" - "לספר"