גיזום שורשים מהשלב הראשון ואילך...
גיזום שורשים נעשה לאורך כל חיי עץ הבונסאי הן בשלב האימון והן כבונסאי בוגר. בשלב הראשון והמוקדם - האימון בעציץ רגיל יש לבחון אם מסת השורשים ממלאת את הכלי לגמרי - אם כן אזי יש לבצעו - אולם לפני כן יש לגזום ולעצב לפחות כשליש מהנוף. גיזום שורשים לא גיזום נוף - יגרום נזק לצמח. בשלב ההעתקה לכלי שתילה שטוח מבצעים גיזום שורשים כדי לדלל שוב את מסת השורשים ( כמובן לאחר גיזום ענפים ועיצוב) ולהתאימה לנפח הכלי החדש. בכלי שטוח בוחנים לפחות אחת לשנתיים את מסת השורשים ומבצעים קיטום שורשים לפי הצורך. התפתחות מסת שורשים - בכל מין של צמח שונה כמובן בעוצמתה והיקפה לאורך ציר הזמן. את גיזום השורשים רצוי ומומלץ לבצע בד"כ בתקופות החורף והאביב