PHP צד שרת JQUERY זה צד לקוח
אין בניהם תקשורת ישירה.
כשהPHP סיים לרוץ הוא זורק לדפדפן טקסט וזהו, לא אכפת לו ממה שקורה עם העמוד באותה הבקשה.
אם אתה רוצה שהPHP/שרת ידע משהו אתה צריך לשלוח עוד בקשה.
אפשר לעשות את זה עם לטעון את כל העמוד מחדש ע"י שליחת טופס או שינוי בURL עם פרמטרי GET או לשלוח בקשת AJAX