לגבי שני הראשונים התשובה פשוטה: זו אם קריאה שנוספת ללא ניקוד
לדוגמה, במקרא תמצא את הכתיב המנוקד ללא יו"ד: "כִּי-הִנֵּה הַסְּתָו עָבָר הַגֶּשֶׁם חָלַף הָלַךְ לוֹ" (שיר השירים ב 11)
 
ולגבי עכשיו, ראה הסבר באתר האקדמיה ללשון:
גם בצורה המקורית (עד כשהוא) וגם בצורה המכווצת (עכשו) מעולם לא הייתה יו"ד עיצורית. ואומנם במגילות מדבר יהודה המילה כתובה עכשו (ללא יו"ד); וזה גם כתיב נפוץ למדי בכתבי היד של ספרות חז"ל. עם זאת בכתבי יד טובים רבים מוצאים את התיבה כתובה ביו"ד (עכשיו), כמקובל גם בעברית של ימינו. הכתיב ביו"ד של מילה זו ושל המילים המעטות האחרות המסתיימות ב־ָו (כגון סְתָו) נובע מהיקש לכתיב של צורות ריבוי שאליהן נוסף כינוי חבור לנסתר, כגון סְפָרָיו, יְלָדָיו, שבהן היו"ד משקפת את סופית הריבוי העברית הסדירה. בלי ניקוד הקורא רגיל להבחין בעזרת היו"ד בין הכינוי לרבים בווי"ו עיצורית (ילדיו) לכינוי ליחיד בתנועת o (ילדו), וכך הכתיב ביו"ד של מילים כמו עכשיו, סתיו עוזר לקורא להבין שהווי"ו עיצורית היא.
http://hebrew-academy.org.il/2015/05/03/מה-מקורה-של-המילה-עכשיו/
 
כלומר למילים האחרות נוספה יו"ד כאנלוגיה ליו"ד בצורות קניין חבור רבים בגוף נוכח (גוף שני יחיד) – בניו, ידיו, בגדיו וכו'. הוי"ו היא זו שמתווספת לגוף השני ( ילד >> ילדו, ילדי >> ילדיו) ואם יש יו"ד לפניה, הרי שזו צורת ריבוי, והיא הגיעה מצורת הריבוי (בנים, ידיים, בגדים, ילדים וכו') ולמעשה קינוי הקניין מצטרף לצורות הנסמך (בנֵי, ידֵי, בגדֵי, ילדֵי). אמנם כיום אנחנו הוגים אותן כ-ey, אבל הגיית צירי מלא כדיפתונג היא הגייה מודרנית בהשפעת ההגייה האשכנזית; התנועה המקורית היא e.
http://hebrew-academy.org.il/2011/05/01/הגיית-הצירי-המלא/
 
בשורה התחתונה, היו"ד הזאת תמיד הייתה אם קריאה ולא עיצור (למיטב ידיעתי לפחות). השאלה המעניינת (לפחות בעיניי) היא מהיכן הגיעה תנועת a... אבל על כך אין לי תשובה.