החטאה
תהליך הלמידה במרכזי מחוננים מתבסס על קורסים שונים ומאוד איכותיים- כל אחד בפני עצמו - אולם הפעילות היא כבחוגים, אין קשר וקישור בין הקורסים השונים והתכניות בדרך כלל, אינן ספירליות ואין התקדמות כל שהיא בנושא זה או אחר. בנוסף, נושא המטלות (שיכולות להיות מאוד מעניינות ומרתקות) אינו קיים חוץ ממטלות שעובדים עליהן תקופה מסויימת לצורך הצגתן בימי שיא כתערוכות. עבודות הכרוכות בכתיבה, אינן מקובלות בדרך כלל וכתיבה מדעית היא מושג שאינו קיים. בכל אופן, כערך החייב להילמד כדי להפנים ולהתמודד עם מטלות שונות. אחת הבעיות של מחוננים היא שלא פעם, הם נופלים בין הכיסאות. בבית הספר הרגיל, לא מקפידים שיבצעו מטלות הכרוכות הכתיבה "לשם מה הוא צריך לכתוב, הוא הרי מחונן. כך שבמילא הוא יודע". ובמרכז, לא מתייחסים לנושא, מפני ש"במילא הוא עושה זאת בבית הספר, אז למה צריך לשעמם אותו כאן?". וכך הילד המחונן מתרגל לכתוב מעט מאוד אם בכלל, וככל שהוא מתקדם ומתבגר הקושי ממשיך ללוות אותו עד שבשלב זה או אחר, הוא נכשל ושלא באשמתו. המערכת בחט' הגבוהה ובאקדמיה, מחייבת למידה הדרגתית של כתיבה המגיעה לכתיבה מדעית. המחונן, לא עובר זאת.
במרכזי מחוננים מלמדים חוגים שונים בנושאים שונים כשכל מנהל/ת מרכז, חופשי לבחור את הנראה לו (ע"ס התרשמותו האישית ממפתח התכנית והיום, יתכן שגם בלמידת הוראת מחוננים באקדמיה-קורס הנמשך שנתיים). נושאים כגון: רפואה, זאולוגיה, משפטים, חשיבה מתמטית, אמנות, רובוטיקה, פיזיקה, כימיה וכו'.
