למה עדיפה רבייה מינית על רבייה א-מינית?

[deathcaster]

רק הערה טכנית קטנה

" דין אנזים של 500 חומצות אמינו כדין אנזים של 50 חומצות אמינו."- מסכים לחלוטין רק למעו הפרוטוקול האנזים ה"קטן" ביותר בטבע הוא בעל 62 ח. אמינו (וזה רק בצורה המונומרית שלו) צרם לי המס' 50 הזה

 

[Immanuel Goldstein]

בתור בעל תואר שני באקולוגיה

עצם זה שאני נאלץ להודות שאני יודע מה זה אנזימים ו-ATP מהווה טראומה לא קטנה עבורי.

 

[deathcaster]

לא רואה סתירה בין הדברים

 

[Immanuel Goldstein]

בגלל שלא חיית שנתיים

או יותר נכון 3 אם מונים גם את השנה השלישית של התואר הראשון בדאוין של "אני איש שטח שקורע ת'תחת במדבר ויודע לזהות כל קוץ וכל חרק. אין לי מושג מה זה PCR ואני מכחיש ששמעתי אי פעם את ראשי התיבות האלה". במציאות אקולוגים נמצאים מול מחשבים יותר מבשטח, ורוב הסיכויים הם שהם מבינים ב-ANOVA יותר מזיהוי חרקים.

 

[deathcaster]

תגובה

ולמרות הכל, אין סתירה בין הדברים אני מכיר אנשי אקולוגיה שיודעים מצוין מה זה PCR ומכיר אנשי ביולוגיה מולקולארית שמכירים כל קוץ וחרק (למשל מאסטרנט במעבדה בה סיימתי את המאסטר) ויודעים מצוין לבצע מבחנים סטטיסטיים (אני) ב-SPSS או ב-PRIZM (אבל זה משעמם ת'תחת, אתה חייב להודות

). הכל תלוי במה שהתמקצעת בו ובמה שרצית להרחיב את הידע שלך בו מעבר למה שהאכילו אותך בכפית באקדמיה. כנראה ש-PCR לא ממש עניין אותך, מהיכרותי המאוד שטחית איתך, אתה עושה רושם של אדם שבקיא בהרבה מאוד תחומים, אז אם מעולם לא ביצעת RT-PCR, לא קרה שום אסון....

 

[Immanuel Goldstein]

השאלה היא לא מה אתה יודע

הענין הוא הפוזה של "אנחנו" ו"הם". אנשי השטח הקשוחים מול אנשי המעבדה הלבנבנים. נכון שאחרי כל השנים ברור כמה כל זה היה בולשיט.אבל כשאתה סטודנט לאקולוגיה בשנה ג', ומסטרנט לביוכימיה ששאלת אותו על המבחן הסטטיסטי הרשלני שעשה "מי שמשתמש בטכנולוגיה של המאה ה-21 יכול להשתמש בסטטיסטיקה של המאה ה-19" ברור לך שיש כאן התנשאות הדדית.

 

[xianghua]

בטח שיש סיבה

ככל שהחלבון ארוך יותר, גדל בהתאמה מרחב הרצפים. "איש לא צריך שום דבר שיהיה פונקציונלי בגוף"-בטח שצריך. אם האנזים לא יהיה פונקציונלי, הברירה הטבעית לא תברר אותו. זו בדיוק טענת הבריאתנים- אין תועלת בחצי אנזים ברמה העקרונית. "כל מה שצריך הוא דבר אחד קטן- להראות שבניגוד לטענת הבריאתנים, רצף אקראי כן יכול למלא פונקציה מסוימת"-טענת קש. רצף אקראי אכן יכול לבצע פונקציה מסויימת. השאלה היא האם אותה פונקציה יכולה לשמש לתפקוד בטבע, ומה הסיכוי שהיא תוכל להתפשט באוכלוסיה. אגב, אפילו המס' שהציגו(אחד ל11^10) מפריך את האבולוציה של יצורים רב-תאים. כלומר המחקר הנ'ל דווקא מוכיח את טענת הבריאתנים. רוצה לראות?

 

[Immanuel Goldstein]

פחחחחחחחחחח

ככל שהאנזים ארוך יותר, גדל מספר הרצפים האפשרי- ובאותו יחס או יותר גדול גם מספר הרצפים הפונקציונליים האפשריים. אולי צריך להסביר לך שוב מהו מודל. אינך יכול לבחור כל פונקציה שאתה רוצה. אתה צריך לבחור פונקציה שאתה יכול לגלות. וכאן לא משנה כלל אם היא מועילה ליצור החי או לא. זהו פשוט מודל להערכת האפשרות שחלבון פונקציונלי כלשהו יווצר. ואשמח מאד לראות את החישוב שלך, הוא בוודאי יהיה מצחיק מאד. דרך אגב זוהר עצבן אותי, אז אל תזהיר אותו לפני שאתה מפרסם את החישוב. שישתה קפה ויהרוס את המקלדת שלו כשהוא יצחק למראה החישוב שלך.

 

[xianghua]

לא בדיוק אבל בערך

"ובאותו יחס או יותר גדול גם מספר הרצפים הפונקציונליים האפשריים"- נכון מאוד. אלא שמס' הרצפים בכללי עולה בהרבה ככל שמרחב הרצפים עולה. אתה לא יכול לטעון שחלבון של 45 ח'א(קשירת ה-atp) תדיר כמו חלבון של 100 ח'א. זו עובדה שהוכחה בהרבה מחקרים : של הוברט יוקי על ציטוכרום סי(101 ח'א-סיכוי של אחד ל37^10) של דאגלס אקס על בטא לקטאמאז(150 ח'א- סיכוי של אחד ל77^10) ועוד. זה בכלל לא נתון לויכוח. "זהו פשוט מודל להערכת האפשרות שחלבון פונקציונלי כלשהו יווצר"- אבל הוא לא פונקציונלי בעולם הטבע. שוב? "ואשמח מאד לראות את החישוב שלך"- ואשמח לראות לך אותו: המס' שיצא להם הוא אחד ל11^10. גנום ממוצע מורכב מ9^10 בסיסים. מס' המוטציות פר לידה הוא 100. בערך אחת ל100 מוטציות מועילות זוכות להשתלט באוכלוסיה(בגלל אחוזי הכחדה דיפלודיאית) שקלול כל אלה נותן לנו כ20^10 לידות להתקבעות חלבון מועיל. נתונים אבולוציונים נותנים לנו מקסימום 10 מליון שנה למימוש סיכוי זה. אתה מוכן להראות לי כיצד ניתן לדחוס 20^10 לידות ב10 מליון שנה ביצורים מפותחים כמו זוחלים?

 

[Immanuel Goldstein]

הראית את השקרים האלה בעבר

לפחות לגבי סיכויי ההיווצרות- והם הופרכו. שיטת החישוב שלך היתה לא נסיון להגיע לחלבון בעל הפעילויות שציינת, אלא בדיוק ההיפך- יש לך חלבון מתפקד, כמה חומצות אמינו ניתן להחליף בלי לפגוע בתפקוד שלו. שיטת חישוב המבוססת על ההנחה השגויה לפיה משפחת רצפים מסויימת היא היחידה שיכולה לבצע פונקציה כלשהי. היא מבוססת גם על הנחה שגויה נוספת- שחלבון בעל מבנה דומה לא יכול לקבל עוד פונקציה. לגבי המודל והשאלה אם התוצר שלו צריך לפעול בטבע- התשובה היא שוב לא, הוא לא צריך. בשביל זה יוצרים מודל. ועכשיו בוא נבדוק את הטענה המוזרה שלך לגבי הזוחלים: אתה מנסה כנראה לבנות כאן קייס לגבי אנזים חדש שנוצר מרצפים אקראיים. זוהי כמובן שטות מוחלטת. רוב האנזימים של היצורים ה"מפותחים" הם עתיקים מאד. אין לי מושג מאיפה לקחת את ה"נתונים האבולוציוניים" שנותנים לך רק 10 מליון שנה. כמובן, לא ברור גם מאיפה לקחת את הטענה לפיה רק אחת ל-100 מוטציות מועילות זוכה להתקבע באוכלוסיה אתה יכול להראות מודל או סימולציה? וכמובן, אין סיבה לחשב דווקא לגבי זוחלים. למה לא לחשב לגבי זבובים?

 

[xianghua]

אלה הן עובדות

אם היית טיפה יותר מעמיק, היית מגלה שגם ב"פנדה טמב" ובטוקאוריג'נס( אתרים אבלוציונים למהדרין) נותנים נתונים דומים מחוץ לעבודתו של אקס:http://pandasthumb.org/archives/2007/01/92-second-st-fa.html Axe mentions two other studies – one deals with experiments done with the lambda repressor, and the other with chorismate mutase. Work with the lambda repressor (Reidhaar-Olson and Sauer, 1990) yielded a “value” for the frequency of functional variants of 1 in 10^63 (roughly) for the 92-mer. Work with chorismate mutase (Taylor et al., PNAS 98, 10596-10601, 2001) gave a value of 1 in 10^24 for the 93 amino acid enzyme וגם אם אתה רוצה לטעון שהם טועים. בכיף. כמה רצפים לדעתך יכולים לשמש לאותה פונקציה? כמס' האטומים ביקום? זה כאין וכאפס לעומת מרחב הרצפים. ועתה לחישוב שהצגתי. הרי מתישהו חודשו פונקציות חדשות. אה לא יכול לטעון שכל החלבונים שחודשו ברב- תים הם רק ורסיות של אותם חלבונים בחיידקים. בחיידקים למשל אין שרירים, קולטני ריח, מערכת הנקה, מערכת דם וכו'. כל הנ'ל פירושו חלבונים\פונקציות חדשות שנוצרו עם הזמן. מערכת ההנקה למשל, התפתחה לטענת האבולוציה ב100 מליון שנה בלבד. מערכת ההנקה כוללת לפחות כמה חלבונים חדשים. אז נתתי לך 10 מליון שנה רק לחלבון בודד. לגב השתלטות מוטציה עיין כאן-http://www.tapuz.co.il/Forums2008/ViewMsg.aspx?ForumId=570&MessageId=121039650 "וכמובן, אין סיבה לחשב דווקא לגבי זוחלים. למה לא לחשב לגבי זבובים?"- ראה לעיל. מערכות רבות חודשו ביצורים גדולים למדי.

 

[Immanuel Goldstein]

More of the same...

עם שני החלבונים שהזכרת אתה חוזר על אותה עבודה בעיניים- חישוב היסכוי להגיע לחלבון נתון והואריננטים שלו. בחיידקים אין שרירים? למרבה הפלא, לא לחיידקים אלא לאאוקריוטים חד תאיים יש חלבוני שריר. לחיידקים אין קולטני ריח? יש להם ועוד איך. ומערכת ההנקה כוללת חלבונים שהם מודיפיקציה של חלבונים שהיו קיימים עוד קודם. מערכת ההנקה כולה היא מודיפיקציה של מערכת ההזעה. עיינתי בטענות לגבי השתלטות מוטציה. שוב קשקוש בריאתני. ושוב אנחנו מתחילים ברצף אקראי, במקום בחלבון קים ומתפקד. וכמו שכתבתי, המערכות החדשות ביצורים גדולים אינן אלא מודיפיקציות של מערכות שהיו קיימות הרבה קודם.

 

[Immanuel Goldstein]

פינוקי, אני צריך ללכת לישון

מחר אני יוצא לטיולצ שטח של כמה ימים, כך שאהיה מנותק מהמחשב. אני בטוח שזוהר ומנווה יוכלו לענות לך על כל השאלות.

 

[deathcaster]

השאלות שלו קיבלו מענה פעמים רבות, זה לא עזר

ולצערנו גם לא יעזור

 

[xianghua]

שוב השטות הנ'ל?

אם את בונה על מודיפיקציה אז וולקאם. קח איזה חלבון שתרצה, בצע עליו מוטגנזה וגרום לו להשתנות לחלבון חדש לגמרי. כמה מוטציות לדעתך תידרשנה? יותר מזה, מהו הסיכוי שליד רצף של חלבון קיים, שוכן רצף של חלבון אחר, בעל פעילות שונה לגמרי? רמז לדבר- מהו הסיכוי ששני גרגרי חול הצבועים בשחור ומפוזרים על כדור הארץ, יהיו קרובים אחד לשני. לגבי קולטני ריח בחיידקים וחלבוני שריר- כוונתך אולי לחלבונים דומים, אך לא זהים. למעשה, גם בחלבונים דומים מאוד(המוגלובין ומיוגלובין) קיים שוני רצפי עצום(הם לא הומולוגים). חלומות פז...

 

[xianghua]

אגב

אני בספק רב אם החלבון טיטין(אחד מחלבוני השריר בקומפלקס טיטין-אקטין-מיוסין) קיים בחיידקים. שלא לדבר על כל הגנים האחראים לדיפרננציה חדשה ביצורים רב-תאים. למעשה, אפילו בטיטין עצמו קיים שוני ענק בין יצורים שונים. טוב, זזתי לי...

 

[מילטון גון]

אשאל אותך שאלה ששאלתי בעבר

אנא הסבר במילים פשוטות מה ההבדל במרחק הממוצע בין שני גרגרי חול שחורים המצויים בין 9^10 גרגירי חול אם הם מסודרים בשורה, ריבוע, קוביה תלת מימדית, או קוביה n מימדית. רק בשביל הידע שלך - עם n מספיק גדול המרחק שואף ל-2.

 

[xianghua]

מה שרלוונטי זה שכל כיוון אפשרי

ואם כל כיוון אפשרי, זה עדיין סיכוי ממוצע של אחד ל9^10 בנסיון הראשון. אין שום קריטריון בחירה ללכת דווקא בכיוון הגרגר השני. זה בדיוק מה שאני מנסה להסביר.

 

[xianghua]

אופס, טעות שלי

התכוונתי למשהו אחר בכלל. לפי ההסבר שלך הסיכוי אכן עולה, אבל כשמדובר במרחב של כל כדור הארץ, הוא עדיין נותר אפסי.

 

[מילטון גון]

למרבה הצער עדיין לא הבנת כלום

מרחב הרצפים לא קשור בשום דרך שהיא למרחב הפיזי של העולם שלנו (ובכללו כדור הארץ), מה שמחזיר אותי לבקשה המקורית - "אנא הסבר במילים פשוטות מה ההבדל במרחק הממוצע בין שני גרגרי חול שחורים המצויים בין 9^10 גרגירי חול אם הם מסודרים בשורה, ריבוע, קוביה תלת מימדית, או קוביה n מימדית." באמת לא מדובר פה על אתגר רציני, זה אפילו לא מגיע לרמה של הסתברות - סתם הבנת הנקרא והבנה בסיסית של מושג המימדים. אני מצפה.